Pemerintah dalam hal ini kementrian riset Dan teknologi serta kementrian Kesehatan RI mendukung pengembangan Vaksin Dan bahan Baku obat yang tidak tergantung Dari bahan Baku luar negeri, tapi 100% bahan dasar nya diambil dari sumber daya alam di Indonesia.
Pada pagi hari ini, Rabu, 25 Januari 2012′ di ruang Dr. j Leimena lt2 gdg C Kementrian Kesehatan RI jl HR Rasuna Said Jakarta Selatan, Menkes Dan Menristek menyaksikan acara penandatangan kesepakatan bersama dalam mewujudkan sinergi penelitian Dan pengembangan Vaksin Dan bahan Baku obat antara academic (universitas), bisnis (industri)’ Dan government (pemberitahuannya), ABG synergy. Pihak akademik terdiri Dari UI, ITB, Unair, Unhas, UNS, Dan UB, Rektor UB diwakilkan kepada Fatchiyah (direktur LSIH UB) dalam proses penandatangan MoU ini. Kemenkes Dan Kemenristek mewakili pihak pemerintah. Sedangkan pihak industri diwakili Oleh PT Biofarma Dan PT Indofarma.
-
Penandatangan MoU tentang sinergi penelitian Dan pengembangan Vaksin Dan bahan Baku obat
-
genetics engineering examination for master degree students of biology UB
Explain this problem and send your answer to email fatchiya@ub.ac.id before tomorrow noon (26012012)
1. How do you think about the retrovirus as transporter of gene therapy such as Alzhemair, cancer, or congenital diseases
2. DNA Silencing program sometime is not only as negative factor but also positive factor. Let’s explain clearly on both sides
3. Could you take one of gene therapy using DNA recombinant and explain it the reason on it.
(fat)
-
The 2nd International Conference of Life Sciences “Prospective and Contribution of Life Sciences For Better Life” 5th Anniversary of LSIH UB
Central Laboratory of Life Science (LSIH) is one of research central of Brawijaya University that established on 2007. This institution is a research laboratory which mainly conduct research of various field on biotechnology and molecular biology, especially in the field of life sciences, supported by national and international level facilities. To celebrate the fifth anniversary of LSIH we will conduct The second International Conference of Life Sciences 2012 (ICLS 2012) with the theme Prospective and Contribution of Life Sciences for Better Life.
The objective of ICLS 2012 is to bring together researchers, scientists, practitioners, and scholar students to exchange and share their experiences, new ideas, and research results related to all aspects of life sciences that gives positive contribution and prospects for better life in the future.
THE CONFERENCE
The ICLS 2012 will be dividing on three programs: symposium, parallel seminar, and poster sessions. For the symposium, there will be invited speaker who will present topic in life science. Parallel seminar of oral presentations will be carried out concurrently. There will be scheduled poster sessions during the conference.
DATE AND VENUE
Conference Dates: July 14th to 16th, 2012
Venue: Widyaloka Convention Hall, University of Brawijaya,
Jl. Veteran, Malang, 65145, INDONESIA
IMPORTANT DATE
Abstract submission deadline: April 16th, 2012
Full paper submission deadline: June 8th, 2012
SCOPE OF THE CONFERENCE
The scope of this conference is the fields of
- Biopharmacy and Biomedicine
- Microbiology
- Food, Nutrition and Nutrigenomic
- Animal genetic, reproduction and production
- Agricultural biotechnology
- Ethic, legal, social and economical implication
REGISTRATION FEE
This conference would be interesting for researchers from Universities, researchers’ institute, and graduate student.
The conference fee:
Payment address:
Treasurer LSIH UB (Gatot Ciptadi, Ir.)
Account No.: 3150730502
Bank Central Asia (BCA) KPU Dinoyo Malang
Swiftcode: CENAIDJA
Receive payment should be send to facsimile: +62 341 559054 and/or email iclsub2012@gmail.com
detail information on http://icls2012.ub.ac.id
-
Manajemen Laboratorium 1.Training Needs Analysis: Analisis Kebutuhan Pelatihan bagi Personel Laboratorium
Oleh Fatchiyah
Direktur LSIH UB dan Dosen jurusan Biologi FMIPA UB
Email: fatchiya@ub.ac.id , website http://fatchiyah.lecture.ub.ac.id atau http://lsih.ub.ac.idPentingkah Identifikasi kebutuhan Pelatihan (Training Needs Analysis)? Ya tentu saja, hal ini untuk mendapatkan dampak positif atau hasil maksimal dari pelatihan yang diikuti, sehingga waktu dan dana yang dikeluarkan tidak siasia. Benarkah pelatihan diperlukan? Pasti, karena untuk meningkatkan kompetensi seseorang. Kapan pelatihan dibutuhkan? Adanya penggunaan teknologi baru, perubahan proses, permintaaan dari pengguna/pasar/ customer, perubahan budaya atau struktur organsasi, perubahan dalam masyarakat atau aturan hukum serta bila ada kebijaksanaan baru pimpinan. Benarkah pelatihan dibutuhkan? Pelatihan bagi personel yang ada atau untuk personel baru dengan kualifikasi yang sesuai.
Pelatihan, merupakan bagian yang penting dan mutlak dalam sistem manajerial. Cara yang vital dalam upaya perbaikan dan pengembangan. Pelatihan juga merupakan kebutuhan dasar bagi personil agar mampu melaksanakan pekerjaannya serta berhasil dalam karir. Oleh karena itu, tujuan suatu pelatihan adalah meningkatkan pengetahuan, kemampuan, ketrampilan, kapasistas, kompetensi dan kinerja kerja. Perlunya pelatihan bukan hanya didasarkan untuk pembelajaran, yang lebih utama ialah didapatkan hasil yang dapat memenuhi standar kinerja pada tingkat yang dibutuhkan pada semua personel. Setiap personel laboratorium harus mendapatkan pelatihan dasar agar mampu melaksanakan tugasnya dan berhak meminta pelatihan yang berhubungan dengan pekerjaannya. Bagi semua personel terutama di laboratorium, untuk mencapai hasil yang baik tidak diizinkan untuk menerapkan suatu prosedur atau metoda sebelum: (1) mengikuti semua pelatihan yang diperlukan. Perlu supervisi sampai pelatihannya berakhir. (2) menunjukkan kemampuannya menerapkan apa yang telah dipelajari.
Identifikasi Pelatihan. Untuk mengidentifikasi pelatihan meliputi tahapan analisis, rancang, pengembangan, pelaksanaan, dan Evaluasi. Pada umumnya, dalam suatu laboratorium personel yang ada memiliki tingkat penegtahuan dan ketrampilannya bervariasi. Maka tugas Manajemen untuk identifikasi kebutuhan pelatihan bagi personel yang bekerja di laboratorium yang dipimpinnya. Identifikasi kebutuhan pelatihan merupakan langkah awal dalam siklus penyusunan program pelatihan dan ditetapkan bersama-sama oleh tim Manajerial dan personel laboratorium.
Analisis. Analisis tugas pokok pegawai atau sekelompok pegawai yang membutuhkan pelatihan, berbasis informasi lengkap dan faktual tentang: (1) kinerja personil, (2) siapa personil yang ketrampilannya perlu ditingkatkan, dan (3) adanya jenjang kinerja antara kebutuhan laboratorium dengan kualifikasi personel yang ada atau jenjang antara personel. Bagaimana cara menganalisis secara obyektif: lakukan SWOT analysis terhadap personel, amati tingkat kinerja personel, lakukan wawancara langsung pada personel, edarkan kuisener, dan diskusikan dengan kelompok kerja. Bagaimana personel dapat memanfaatkan kekuatan atau kesempatan dirinya? Apakah ada faktor yang menghalanginya untuk memanfaatkan kesempatan yang ada?
Perancangan. Merancang suatu pelatihan harus berbasis pada SMART goals: Spesific, tujuan harus ditulis sejelas mungkin. Measurable, harus disertakan bagaimana mengukur pencapaian tujuan secara obyektif. Achievable, target menantang namun tidak terlalu sulit untuk dicapai. Relevant, seseorang akan terpacu mencapai target, apabila target itu penting dan dapat memberikan keuntungan padanya. Time limited, target harus dapat dicapai dalam kurun waktu tertentu. Manajemen akan menetapkan pelatihan yang sesuai dengan kebutuhan. Be realistic! Jangan meniru laboratorium lain, tapi harus sesuai dengan visi dan misi masing-masing laboratorium dan ruang lingkup yang telah ditetapkan atau yang akan dikembangkan.
Pengembangan. Manajemen juga melakukan dokumentasi untuk pelatihan yang telah dilaksanakan, rotasi personel yang akan dilatih berbasis pada tingkat kompetensi yang ingin dicapai, dan proses setelah pelatihan yang dilakukan oleh personel yang bersangkutan. Berdasarkan tahapan tersebut, manajemen melakukan pengembangan lebih lanjut. Pelatihan lanjutan bisa dilakukan dalam waktu kerja – on the job training atau inhause training –. Kelebihan pelatihan model ini adalah dengan menggunakan peralatan, instrumen, atau bahan yang akan digunakan oleh oleh personel setelah pelatihan, sehingga personel secara efektif dapat meningkatkan kemampuan dalam menyelesaikan tugas. Tipe lain – off the job training -, yaitu dilaksanakan diluar tempat pekerjaan di tempat pelatihan yang sesuai dengan kompetensi dan memiliki reputasi yang baik. Personel dalam mengikuti pelatihan dapat konsentrasi penuh pada materi pelatihan karena tidak dibebani dengan tugas rutin. Dan lebih effektif dalam mengembangkan konsep dan ide. Tetapi kelemahannya, biasanya type instrumen yang dipelajari tidak sama dengan peralatan yang dimiliki laboratorium.
Pelaksanaan. Setelah selesai melakukan pelatihan, personel harus melaksanakan hasil pelatihan yang diikutinya. Personel langsung menerapkan ilmu dan ketrampilannya yang diperolehnya untuk menyelesaikan permasalah nyata di dunia pekerjaannya, karena tanpa dipraktekkan ilmu atau ketrampilan itu akan hilang. Pimpinan langsung akan mengawasi dan mengevaluasi pelaksanaan setelah pelatihan. Misalnya: personel secara individu atau kelompok kerja melakukan proses analisis lebih efesien dan effektif, waktu lebih cepat, kegagalan analisis minim, validasi instrumnetasi dan metoda analisis terjaga dengan baik, sehingga kepercayaan customer/pelanggan meningkat dengan semakin meningkatnya sampel uji yang masuk ke laboratorium.
Evaluasi. Pelatihan dan proses setelah pelatihan personel yang telah dilaksanakan diukur denga melakukan evaluasi. Manajemen menyediakan perangkat evaluasi seperti kuisener dimana kuisener ini ditujukan untuk personel yang bersangkutan dan atasan langsung dan untuk meningkatkan obyektifitas dapat pula ditambah kuisener untuk rekan kerja serta kuisener dari kepuasan customer/pelanggan. Personel juga membuat evaluasi kinerja diri (EKD). Dan manajemen akan melakukan internal audit serta kaji ulang manajemen atas keseluruhan proses yang ada dalam laboratorium tersebut. Proses kinerja dan evaluasi kinerja harus berbasis pada ISO yang dijalankan oleh laboratorium yang bersangkutan, seperti ISO 17025:2005, ISO 9001:208, ISO 1400 dan standard ISO yang lain.
Personal management appraisal system (PMAS). Tujuan dari PMAS adalah memberikan tanggapan kepada karyawan terkait terhadap kinerja kerjanya dan menganalisis pelatihan apa yang diperlukan. Dapat digunakan sebagai dasar penentuan untuk mengambil keputusan, pemberian pay-off atau menaikkan gaji, bonus, promosi atau tindakan disiplin lainnya. PMAS juga merupakan saranan terjalinnya komunikasi antara manajemen dan karyawannya, meningkatkan kinerja kerjanya melalui konseling, pemberian arahan dan pengembangan, serta mengavaluasi situasi dan kondisi dari perusahaan.
Pada dasarnya, menganalisis Kebutuhan akan Pelatihan bagi personel, tidak dilakukan tanpa proses yang telah diurakan di atas, agar perencanaan dan pengembangan, waktu dan uang yang disediakan tidak sia-sia belaka, tapi bermanfaat dalam peningkatan kinerja kerja personel dan proses analisis serta manejemen mutu laboratorium lebih efisien, efektif dan dengan akuntabilitas yang tinggi (FAT).Pustaka yang terkait:
1. Training needs analysis Training Needs Analysis (Fat, 2012)
2. MAPS handbook performance appraisal handbook
3. MAPS template performanceappraisalform (template)
-
pembukaan pendaftaran program short term visit di NIPS Japan
Hallo adik2 mahasiswa dan peneliti ub, pembukaan pendaftaran program short term visit di NIPS. ini link-nya http://www.nips.ac.jp/eng/graduate/applicants/internship/ deadline application January 31, 2012
Invitation to NIPS: NIPS Internship 2012 (approximately 2 weeks)National Institute for Physiological Sciences (NIPS) (Department of Physiological Sciences, School of Life Science, The Graduate University for Advanced Studies (SOKENDAI) invites foreign students who wish to stay at NIPS for approximately 2 weeks (internship) in 2012. The aim of the internship is to provide students who are thinking of entrance to our PhD course program with an opportunity to experience our education system and research activity. We believe this opportunity will be very helpful to students in making a decision to enter our graduate university. We will support travel and stay expenses.
The host laboratories are listed at the following URL: http://www.nips.ac.jp/eng/research/section/
To apply for the NIPS Internship 2012
(1) Please click HERE and register yourself.
(2) IMMEDIATELY after registration, please send your [Curriculum Vitae] including [official records of your scores in schools] to “scholar@nips.ac.jp” as PDF files.
(3)If you wish, you can also send PDF files of recommendation letter(s).[Important Note] Without the submission of (2), your application is incomplete and we do NOT accept it.
Application deadline: January 31, 2012
Intern period: approximately 2 weeks between April, 2012 and January, 2013
(The title of inquiry Email should be “NIPS Internship 2012”)
Amount of support: upper limit of the support including the airfare and accommodation fee is 200,000 Japanese Yen/person.
Email address for inquiries : scholar@nips.ac.jp -
NEWS!! Training of Trainers and Students Course of Module II on DNA Barcoding Brawijaya University Malang, July 1-14, 2012
Implementation IGN for TTR Biodiversity Curricula
Training of Trainers and Students Course of Module II on DNA Barcoding
Brawijaya University
Malang, July 1-14, 2012
At the Second Year activity, The Indonesian – German Network for Teaching, Training and Research Collaborations (IGN-TTRC), a consortium to improve teaching, training and research collaborations within Indonesian universities and between those of Indonesia and Germany, will give a competitive, merit-based scholarship program that provides opportunities for two weeks: one week Training of Trainers (Lecturers) and a one week Students Course in Module II on DNA Barcoding, conducted at the University of Brawijaya. The ToT and Student Course consist of lectures and a practical class given by German and Indonesian tutors. Candidates from the following Universities are eligible participants for the program and involve UB and UNAND (main course Universities), UNSRAT, UNEJ, IPB, UNMUL, and UNAIR (associated Universities). This program is supported by the German Academic Exchange Service (Deutscher Akademischer Austausch Dienst, DAAD), by the Ministry of National Education of the Republic Indonesia, and several other funding sources.
The biological diversity of each country is a valuable and vulnerable natural resource. Sampling, identifying, and studying biological specimens are among the first steps towards protecting and benefiting from this biodiversity. DNA Barcoding is new tool for taxonomic research based on sequence diversity in short, standardized genomic regions. The international DNA Barcoding initiative is generating a global, open access library of reference barcode sequences that will allow the reliable identification of biological specimens by non-taxonomists. In principle, DNA Barcoding requires three consecutive steps: a. obtaining and preparing organisms (collecting, identification, preparation, and preserving), b. Laboratory procedure: sampling and processing specimen samples to obtain DNA barcode gene sequences, and c. data management using a dedicated database.
Program Objectives
- To give an overview of the role of molecular biology methods in biodiversity research. The course modules will be integrated into the biodiversity curricula at the participating universities. The final goal would be a joint the M.Sc and/or PhD curriculum.
- To establish a curriculum that is equivalent to a German MSc degree and that enables Indonesian students to rapidly integrate into a German PhD program. Credits will be awarded by the IGN-TTRC. The participating universities may accept these certificates as partial fulfillment of an Indonesian PhD degree.
Eligibility Requirements
- Student Applicants must have Grade Transcripts of (≥3.25) proven by a certified original or certified photocopy of academic records (transcripts) from any previous university work
- Applicant must have active English language proficiency and a TOEFL/TOEIC/IELTS score of min. 450/550/5.5
- Applicants should provide a motivation letter of 2-3 pages (including CV) describing their scientific interest.
- Lecturer Applicants must fill in and sign a Commitment Letter of Module Implementation
- Applicants, except UB participants, should include a statement by the University/Faculty if costs for travel and subsistence can be (partially) covered if the available funding is not sufficient.
- Applicant should fill in IGN-TTRC application form and send it together with the other material by E-Mail to ignttrc.ub.council@gmail.com along.
Selection Process of Module II on DNA Barcoding
Selection of students and graduate students
All participating institutions will motivate their best students to apply for the courses. Candidates will write a letter of motivation accompanied by a brief evaluation by their mentor. The council will decide on acceptance based on excellence of the candidates. In the case of equal qualification, we will try to accommodate students from different partner universities. It is understood that gender issues will be strictly observed.
Funding for travel and subsistence is limited to approx. 10 persons. Up to 20 (max.) students/lecturers may be accepted for each course if additional funding is provided by the faculty/university.
Selection will be made by the IGN-TTRC Council academic review committee that includes UNKA, UB, UNAND, IPB, UNSRAT, UNMUL, UNEJ and UNAIR. In selecting eligible candidates, the review committee will consider academic merit as well as evidence of leadership potential and experience capacity for change; adaptability; ability to pursue independent study; English language proficiency; creativity; initiative; self-expression.
Application Deadline
· A complete application must be received by IGN-TTRC Council of the University of Brawijaya, Fatchiyah, PhD: ignttrc.ub.council@gmail.com no later than April 20th 2012. Please write the subject email ToT UB Module 2 for lecturers or SC UB Module 2 for students.
Award Provisions and Conditions
Scholarship recipients will receive the following:
- Free tuition fee for TOT and student course
- Credits Certificate will be awarded by the IGN-TTRC
- For participants from outside UB (UNSRAT, UNEJ, IPB, UNMUL, and UNAIR) will be reimbursed for transportation from their university to UB
Award Decision, Start Dates and Venue
Award decisions are expected to be announced on Website http://lsih.ub.ac.id and/or email to inviting participant by June 1, 2012.
Courses take place on July 1-14, 2012 (UB Malang)
UB Venue: at Central Lab of Life Sciences UB (LSIH UB)
Written and E-mail Inquiries
Email inquiries may be addressed to ignttrc.ub.council@gmail.com
-
Molecular Biomol examination for Biology Graduated Program UB
please explain clearly the answers of the problem on below and then sending to email fatchiya@ub.ac.id please send before 10 o’clock, Dec 8,2011.
1. explain the control regulation before transcription, transcription and post modification transcription
2. determine the process of translation of mRNA mature from nucleus to ribosomes
3. when does the signal transduction start to induce/enhance the process of protein synthesisNote: take minimum an example of the mechanism for all answer for each question.
GOOD LUCK -
Glucomannan, Terapi Herbal Pengendalian Gula Darah pada Diabetes
Dikirim oleh humas3 pada 14 Juni 2011 | Komentar : 0 | Dilihat : 32
Fatchiyah, PhD menjadi pembicara dalam APCCN 2011Nutrigenomik merupakan kajian studi baru tentang pengaruh makanan terhadap ekspresi informasi genetik secara individual ataupun komponen genetik yang dimiliki individu mempengaruhi metabolisme dan respon terhadap komposisi gizi atau bioaktif dalam makanan. Komponen genetik secara individual memiliki kemampuan yang bervariasi terhadap makanan dan kerentanan terhadap penyakit kronis seperti diabetes mellitus tipe 2 (DM tipe 2). Demikian disampaikan Fatchiyah saat dirinya menjadi pembicara dalam Asia Pacific Conference on Clinical Nutrition (APCCN) 2011 yang diselenggarakan di Bangkok beberapa waktu lalu (5-9/6). Konferensi ini telah berlangsung selama tujuh kali dan diikuti peneliti di Asia Pasifik untuk membahas tentang makanan yang dapat mengontrol penyakit pada pasien maupun orang normal. Fatchiyah merupakan salah satu inviting speaker pada symposium “Nutrition, Diabetes Mellitus dan Peptic Uller” dimana Daniel Pella dari India merupakan chairman-nya. Pembicara lain yang juga presentasi adalah Irene Blackberry dari Australia (Older People with type 2 Diabetes: Nutrition Considerations), Nithiwat Vatanavicham dari Thailand (Nutritional Management of Patients with Inborn Errors of Energy Metabolism) dan Sandip K. Bandyopadhyay dari India (Effect of Plant Derived Natural Antioxidants on NSAID-induced Gastric Ulcer).Dalam kesempatan tersebut, ia mempresentasikan penelitiannya berjudul “Glucomannan as Herbal Therapy for Control Blood Glucose of Diabetes”. Beberapa waktu terakhir, peneliti biomekanisme molekuler ini mulai mendalami nutrigenomik guna mengeksplorasi plasma nutfah Indonesia yang sangat kaya. Diantara manfaat kekayaan tersebut adalah sebagai bahan netraceutical food yang digunakan untuk terapi herbal serat tinggi dengan target gen-gen terkait penyakit yang ditetapkan.
Penyakit DM tipe 2 dapat dikontrol dengan pengaturan diet yang dimonitor. Hubungan antara diet karbohidrat dengan DM tipe 2 cukup kompleks, sehingga banyak penelitian telah dilakukan untuk menentukan diet yang tepat untuk menurunkan glukosa darah. Salah satunya adalah diet serat tinggi yang bekerja lebih baik dalam mengontrol diabetes dibanding diet yang direkomendasikan ADA (American Diabetes Association). Diet jenis ini menurut Fatchiyah mampu menurunkan level insulin hingga 12% dan level glukosa hingga 10% pada pasien DM tipe 2 yang mengkonsumsi diet serat tinggi dibanding diet group lain.
Glucomannan
“Diet yang mengandung glucomannan dapat menunda rasa lapar dan meningkatkan absorbsi diet gula secara gradual sehingga berpengaruh mengurangi peningkatan level gula darah setelah makan”, kata Fatchiyah kepada PRASETYA Online melalui email. Pada studi lain, glucomannan 8-13g per 100g kalori per hari dapat menstabilkan gula darah individu dengan sindrom resisten insulin (syndrome-X). ” Tetapi konsentrasi glucomannan yang tinggi bisa menyebabkan menurunnya gula darah secara cepat dan menyebabkan hypoglicemia, kadar gula darah sangat rendah”, tambahnya.
Glocomannan adalah serat tanaman konjac dan porang (iles iles, suweg) yang memiliki sifat diantaranya tidak larut dalam air dan berbentuk seperti gel. “Karena tubuh tidak bisa menyerap glucomannan, sehingga menghasilkan massa lunak yang besar, bergerak menembus usus dan merangsang kontraksi otot usus”, terang Dosen Jurusan Biologi FMIPA ini.
Tanaman porang (Amorphopallus mulleri) di Jawa Timur merupakan komoditi ekspor untuk bahan konyaku dan shiratake ke Jepang. Jenis konjac glucomannan telah banyak dilakukan penelitian berkaitan dengan pengontrolan DM tipe 2, tetapi pada porang yang ditemukan di Jawa Timur belum ada laporan kegunaannya sebagai salah satu bahan diet serat tinggi. Untuk itu perlu dikaji efektifitas tepung porang sebagai bahan diet serat tinggi dalam penurunan kadar gula darah, ekspresi mRNA gen pro insulin pada pankreas dan hepar pada tikus diabetes.
Diet tinggi serat sangat efektif untuk memperlambat penyerapan glukosa ke dalam sirkulasi darah sehingga mengurangi sekresi insulin. Kombinasi dari diet karbohidrat dan serat yang tinggi dapat mengurangi kebutuhan akan insulin. “Menurunnya kebutuhan insulin berarti juga menurunkan aktivitas sel β pankreas dalam produksi insulin. Dengan adanya penurunan aktivitas sel dalam produksi insulin, maka ATP yang seharusnya digunakan untuk sekresi insulin dari vesikel dapat digunakan dalam melakukan regenerasi sel β pankreas”, kata Fatchiyah.
Adanya kerusakan sel β pankreas akibat STZ menginduksi sel-sel β normal untuk melakukan regenerasi. Toksisitas STZ dikarenakan adanya aktivitas alkilasi dari gugus methylnitrosourea-nya, khususnya pada posisi O6 dari guanin. Transfer gugus methyl dari STZ ke molekul DNA menyebabkan kerusakan pada sepanjang rantai yang mengalami alkilasi, yang akhirnya menyebabkan fragmentasi DNA. Kerusakan ini menyebabkan penurunan NAD+ dan ATP seluler, sehingga sel β mengalami nekrosis. Regenerasi sel β merupakan proses alami untuk menggantikan sel-sel β yang rusak dengan membentuk sel β baru karena adanya mekanisme feed back pada jaringan endokrin. Pembentukan sel β baru ini membutuhkan energi berupa ATP untuk melakukan regenerasi melalui siklus sel. Dugaan inilah yang mendukung hasil penelitian yang menunjukkan bahwa terjadi peningkatan level mRNA gen proinsulin pada tikus diabet dengan perlakuan glukomanan. Peningkatan level mRNA ini diduga karena terjadi peningkatan jumlah sel β sehingga berpengaruh terhadap peningkatan hasil aktivitas sel berupa proses transkripsi mRNA dan translasi insulin.
[fat/nok]
http://prasetya.ub.ac.id/berita/Glucomannan-Terapi-Herbal-Pengendalian-Gula-Darah-pada-Diabetes-5344-id.html
-
Tips “JITU” menulis dan mengoreksi publikasi ilmiah
Tips menulis dan mengoreksi paper
disadur dari artikel yang ditulis oleh Anto Satriyo Nugroho (LIPI) pada Mei 29, 2011
-
- Author
- Penulisan paper harus memperhatikan siapa saja yang dicantumkan dan untuk alasan apa. Urutan penulisan author harus dipertimbangkan baik-baik. First author biasanya diberikan kepada yang paling besar kontribusinya. Mahasiswa/i yang sedang menempuh degree biasanya diberikan kesempatan menjadi first author disertai tanggung jawab untuk memberikan kontribusi terbesar. Second author lazimnya diberikan kepada coauthor yang paling intensif memberikan arahan kepada first author. Last author biasanya untuk professor pimpinan laboratorium yang sudah memiliki nama, walau mungkin kontribusi beliau terhadap studi tersebut tidak sebanyak second author. Urutan ini lazim dipakai diberbagai journal. Akan tetapi beberapa jurnal seperti Physical Review, memakai alphabetic order dari nama author.
- Kalau yang berkontribusi banyak, tidak perlu malu menuliskan semua penulis. Paper yang berkaitan dengan kedokteran atau biologi, seringkali mencantumkan banyak author, karena mereka banyak berperan dalam penyediaan data. Paper Human Genome Project, misalnya, authornya bisa lebih dari 200.
- Dalam penulisan paper, harus selalu berkonsultasi dengan para coauthor, terutama pembimbing utama atau peneliti utama. Pengiriman harus atas persetujuan semua author.
- Introduction:
- Harus ada penjelasan mengapa studi itu penting untuk dilakukan
- Jelaskan pula, apa yang dilakukan oleh peneliti lain pada topik yang dipilih, apa kelebihan dan kelemahan mereka, dan dimana studi yang anda lakukan memberikan kontribusi terhadap masalah yang belum terpecahkan ? Ini akan menjaga kesinambungan scientific knowledge, dimana pengetahuan yang dibangun oleh peneliti yang lalu akan disempurnakan oleh peneliti yang datang belakangan.
- Bagian introduction ini ibaratnya etalase. Anda harus menempatkan barang yang menarik pengunjung agar mereka mau mampir dan membeli. Introduction harus dapat memikat orang agar mau membaca paper yang anda tulis. Para professor atau orang yang sibuk biasanya hanya membaca abstract, introduction dan conclusion. Karena itu pertanyaan yang dibuka di bagian introduction harus terjawab saat membaca conclusion. Sehingga setelah selesai membaca introduction dan conclusion, reader akan memahami posisi anda, kontribusi apa yang anda berikan.
- Di akhir introduction, lazim untuk menjelaskan struktur paper yang ditulis. Section 2 menjelaskan apa, Section 3 menjelaskan apa, dst.
- Penjelasan mengenai metode yang diusulkan (proposed method)
- Pada bagian ini dibahas novelty studi yang dilakukan. Novelty bisa berupa: (i) mengusulkan metode baru untuk suatu kasus yang bukan baru, (ii) memakai metode yang sudah ada untuk suatu kasus yang baru (iii) mengusulkan metode baru untuk kasus yang baru.
- Gambar dan Grafik
- Caption ditulis di bawah gambar/grafik
- Dalam panduan penulisan paper oleh IEEE, “Figure” ditulis singkat “Fig.” baik saat muncul di awal maupun tengah.
- Setiap gambar/grafik harus dibahas di dalam artikel. Jangan membuat reader menafsirkan sendiri gambar/grafik karena tidak ada penjelasan di artikel
- Pastikan sumbu X dan sumbu Y diberi label, masing-masing merepresentasikan apa dan apa unit-nya.
- Perhitungkan bahwa paper anda akan diprint pada proceeding hitam putih. Kalau pemakaian warna akan membuat informasi jadi tidak jelas, maka pakailah format yang sederhana black on white dan tidak memaksakan diri memakai gambar berwarna-warni.
- Grafik tidak perlu diberi border/bingkai. Hati-hati saat memakai MS Excell untuk meng-generate grafik, karena default-nya menyertakan border hitam yang tidak diperlukan saat dimuat di paper.
- Apabila menulis flowchart, lebih baik memakai warna foreground black dan background white. Apabila anda memberikan warna abu kepada kotak, seringkali saat diprint membuat tulisan di dalam kotak itu -yang umumnya berwarna hitam- menjadi tidak jelas.
- Apabila dalam gambar tersebut ada tulisan, perhatikan agar saat diresize ke dalam paper tulisan itu tidak terlalu kecil. Biasanya dalam panduan penulisan paper oleh jurnal hal ini akan diperingatkan. Karena author seringkali lupa, saat copy-paste gambar ke paper, tulisan yang berada dalam gambar menjadi terlalu kecil.
- Pastikan tidak memakai gambar yg copyrighted. Pakailah gambar yg dibuat sendiri, jangan memakai scanning dari paper/buku, untuk publikasi formal.
- Adakalanya kita perlu membedakan gambar yang dimuat: apakah untuk menjelaskan algoritma yang dibahas, ataukah untuk memperlihatkan hasil eksperimen. Untuk tujuan menjelaskan algoritma yang dibahas, lebih baik memakai gambar yang sederhana (boleh juga synthetic image) yang mampu memberikan imajinasi dengan tepat dan cepat kepada pembaca, bagaimana algoritma itu berjalan. Untuk tujuan kedua, yaitu memperlihatkan hasil eksperimen, anda boleh memakai gambar yang lebih kompleks karena tujuannya menjelaskan bagaimana algoritma itu berhasil dipakai pada data riil. Memakai data riil untuk menjelaskan algoritma kadangkala menimbulkan unnecessary complexity. Pilihlah gambar sesuai dengan tujuan yang ingin dicapai.
- Masukkan gambar setelah dijelaskan dulu di dalam artikel.
- Tabel
- Caption ditulis di atas tabel
- Dalam panduan penulisan paper oleh IEEE, “Table” ditulis singkat “Tab.” baik saat muncul di awal maupun tengah.
- Setiap tabel harus dibahas di dalam artikel. Jangan membuat reader menafsirkan sendiri tabel karena tidak ada penjelasan di artikel
- Masukkan tabel setelah dijelaskan dulu di dalam artikel.
- Experimental results
- Selalu bertanya “why”. Mengapa eksperimen ini berhasil ? Mengapa gagal ? Mengapa tidak optimal ?
- Reader akan mengevaluasi anda dari kualitas argumen anda dalam menjawab pertanyaan “why”
- Experiment terbagi dua: heuristics dan demonstrative. Heuristic experiments berisi keberhasilan dan kegagalan eksperimen yang dilakukan peneliti untuk memahami suatu metode, mendalami behavior suatu algoritma/sistem, yang akhirnya bertujuan menambah pengetahuan peneliti. Demonstrative experiment dilakukan setelah heuristic experiment selesai/lengkap. Demonstrative experiment ini tidak bertujuan untuk menambah pengetahuan sang peneliti, melainkan untuk meyakinkan orang lain mengenai ide yang ditulis. Jika demonstrative experiment ini tidak mampu meyakinkan pembaca, maka paper anda tidak akan diterima untuk publikasi. Tetapi terlalu banyak memakai waktu untuk membuat demonstrative experiment akan membuat anda kehilangan waktu untuk mengerjakan heuristic experiment. Akibatnya pengetahuan anda mengenai metode yang dibangun tidak akan komplit. Trade off antara kedua jenis eksperimen ini harus dipertimbangkan oleh peneliti dalam memanage waktu yang dimiliki.
- Tidak harus menceritakan semua eksperimen yang dilakukan. Pilihlah eksperimen yang dapat dipakai untuk membuat suatu cerita yang baik dan runut, agar pembaca dapat memahami ide yang disampaikan.
- Jangan pernah mengklaim bahwa metode anda adalah yang terbaik. Tidak pernah ada metode yang terbaik untuk semua kasus. Anda harus membahas, kapan metode itu berhasil dan kapan dia gagal. Dimana kelemahannya.
- Jangan lupa mencantumkan spesifikasi komputer, OS, waktu pengambilan data (tergantung sifat eksperimennya), running time (bedakan CPU time dan elapsed time. pelajari command “time” di linux. Yang dipakai adalah CPU time)
- Hati-hati dengan significant figures.
- Conclusion
- Conclusion mengulas secara singkat, apa yang dilakukan dan hasilnya bagaimana
- Jelaskan juga kelemahan dari studi yang dilakukan sebagai future work penelitian tsb.
- Di bagian Conclusion, harus jelas, apa (academic) contribution dari studi yang dilakukan. Kesimpulan itu yang akan diingat oleh reader.
- Referensi
- Jangan memakai terlalu banyak area paper untuk menuliskan konsep yang sudah diketahui umum. Larikanlah ke referensi. Tiap halaman paper anda sangat mahal. Dedikasikan untuk membahas metode/hasil baru yang merupakan kontribusi orisinil anda.
- Referensi yang dicantumkan harus dicite di dalam artikel.
- Urutan prioritas: jurnal, peer review conference paper, conference paper tanpa review, text book yang benar-benar fundamental dan penting.
- Paper yang baik, akan memakai referensi yang mutakhir, misalnya 5 tahun terakhir
- Hati-hati saat menuliskan referensi dengan mencomot dari sana dan sini. Karena style penulisan referensi bisa saja berbeda, seperti urutan nama: last name dan singkatan first name. Harvard style referencing memakai urutan alphabetic nama pengarang, sedangkan IEEE urutannya berdasarkan kemunculan di paper. Pastikan anda mengikuti aturan yang ditetapkan editor.
- Apabila anda akan men-cite software, terlebih dahulu periksa situs pengembang software tersebut. Biasanya pengembang software akan merekomendasikan cara membuat sitasi terhadap karyanya. Misalnya untuk software WEKA, anda harus mengikuti permintaan pengembang sebagaimana dapat dibaca di http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/index_citing.html
- Jurnal/conference paper lazimnya memiliki informasi volume, issue number, halaman dsb. Ini harus disitasi lengkap sesuai dengan aturan penulisan paper (teknik referencing bisa jadi berbeda antara satu jurnal dengan yang lain.). Akan tetapi seiring dengan perkembangan zaman, dewasa ini prosiding dalam bentuk CD ROM sudah diterima sebagai publikasi resmi. Adakalanya jurnal juga diterbitkan secara online, sehingga tidak memiliki informasi halaman, melainkan nomer unique. Contohnya: http://www.malariajournal.com/info/about/ menyebutkan
Articles in Malaria Journalshould be cited in the same way as articles in a traditional journal. However, because articles in this journal are not printed, they do not have page numbers. Instead, they have a unique article number.The following citation:
Malar J 2004, 2:1
refers to article 1 from volume 2 of the journal.
As an online journal, Malaria Journal does not have issue numbers. Each volume corresponds to a calendar year.
- Lain-lain
- Apabila anda akan memakai singkatan sebuah metode, misalnya SOM untuk “Self Organizing Map”, pada saat muncul pertama kali di dalam paper anda harus menyebutkan secara lengkap terlebih dahulu dan diikuti dengan singkatannya di dalam kurung. Misalnya “Self Organizing Map (SOM) is used to ….”. Setelah itu, anda boleh memakai singkatan SOM tanpa harus menjelaskan kepanjangannya. Kesalahan sering terjadi saat seorang penulis menulis singkatan tanpa menjelaskan terlebih dahulu apa kepanjangannya.
- Setelah penulisan draft selesai, seringlah konsultasi dengan pembimbing, author maupun teman anda untuk membaca dan memberikan masukan. Seringkali karena terlalu fokus pada wording dan konten, terjadi kesalahan yang fatal tanpa disadari. Misalnya flowchart ternyata salah, grafik yang ditampilkan ternyata salah, dsb. Anda mungkin tidak menyadari kesalahan tersebut karena sedang fokus pada pemilihan argumen. Bantuan dari orang lain sangat diperlukan, karena mereka lebih “tenang” dalam membaca paper.
- Garis bawahi kalimat utama tiap paragraf dan perhatikan, apakah ada loncatan pembahasan dari satu paragraf ke paragraf yang lain.
- Adakalanya anda menulis paper mengenai topik yang spesifik untuk negara tertentu. Misalnya Natural Language Processing pada bahasa Indonesia. Saat menulis paper internasional, anda harus bayangkan bahwa pembacanya adalah orang yang tidak memahami bahasa Indonesia. Sehingga untuk contoh-contoh yang memakai bahasa Indonesia, harus diterjemahkan di dalam paper. Tanpa terjemahan, paper anda tidak dapat difahami oleh reader.
- Saat menulis alamat, hati-hati dengan penulisan singkatan “jalan” sebagai “Jl.”. Lebih baik anda tulis lengkap “Jalan”, misalnya “Jalan M.H. Thamrin”, karena Jl ada kemungkinan dibaca “je-i” oleh orang asing.
- Kalau ada keharusan menuliskan alamat, jangan lupa mencantumkan nama negara: “Indonesia” di alamat yang tertulis di paper.
- Orang Indonesia seringkali menulis simbol plus minus untuk menyatakan lebih kurang, yaitu + 50. Secara teknis ini salah, karena artinya plus 50 dan minus 50. Hindari singkatan yang spesifik difahami secara informal oleh orang Indonesia.
- Dalam menulis angka, perhatikan bahwa bahasa Inggris memakai titik, bukan koma untuk pemisah pada angka decimal. Demikian juga, penulisan basis pada logaritma, hendaknya mengacu ke bahasa Inggris. Yaitu basis ditulis sebagai subscript setelah “log”, bukan super script sebelum log. Penulisan kita banyak mengacu ke Belanda.
- Perhatikan jurnal yang dituju. Apabila anda mengirim ke jurnal berbasis Eropa seperti Nature, ikutilah British English. Jika anda mengirim ke jurnal berbasis Amerika, ikutilah US English. Lazimnya kalau IEEE mengikuti US. Contoh beberapa kata yang berbeda penulisan: colour (British) vs color (US), tumour (British) vs tumor (US)
- Perhatikan bahwa “that” dan “which” berbeda
- Reviewer biasanya mengecek: abstract untuk mendapatkan quick view, introduction untuk mengetahui posisi studi itu di belantara penelitian sejenis, conclusion untuk mengetahui seberapa bagus hasil yang dicapai, dan referensi untuk mengecek apakah author memakai referensi yang terkini (rule of thumb: last 5 years papers), terpercaya dalam artian peer reviewed.
- Author
Tambahan dari teman-teman (terima kasih atas masukannya yang sangat berharga)
Terima kasih atas tulisannya mas Anto. Hanya ingin sedikit manambahkan untuk bagian Figure.
1. width line untuk plot atau ukuran huruf untuk keterangan plot harus cukup besar sehingga orang yang sudah berumur masih dapat membaca dengan jelas gambar dan keterangannya jika papernya diprint dalam hitam putih (tidak perlu melihat gambar dan keterangannya dengan men-zoom sampai 300% di pdfnya)
2. caption gambar harus self-explained. Pembaca harus dapat mengerti kesimpulan yang dapat diambil dari gambar tersebut hanya dengan membaca captionnya, tanpa harus mencari di text.
semoga membantu…..sumber asli : http://asnugroho.wordpress.com/2011/05/29/tips-mengoreksi-paper/
-
-
UTS Bioinformatika
SOAL UJIAN TENGAH SEMESTER
KELAS A
————————————————————————————————————————–
Mata Kuliah : Biokom & Bioinformatik Semester : Genap 2011
Tanggal : 15 april 2011 Dosen : Fatchiyah, Ph.D
Bentuk Ujian : Take home Waktu Ujian :
————————————————————————————————————————
Jawaban dikumpulkan paling lambat
Hari : SENIN, 18 April 2011, jam 14.00
Ke alamat email : bioinformatika2011@gmail.com
Dengan subject : UTS Biokom-Nama mahasiswa
Setiap mhs HARUS tidak sama gen yang dipilih.
1. Pilihlah salah satu gen apapun misal SF-1, GH, HLA-DR, 16s-RNA, atau lainnya.
A. Analisis aligment dengan 5 species yang berbeda dengan program Bioedit baik sequence DNA maupun proteinnya.
B. Uji kekerabatan dari semua species yang saudara pilih
2. Berdasarkan data gen yang sudah saudara pilih, design primer untuk amplifikasi DNA sesuai dengan program yang ada di GenBank tersebut, berapa base pair (bp) hasil DNA-PCR yang diperkirakan?
