RPKPS MK Bioinformatika Biologi MIPA UB 2013

RENCANA PROGRAM KEGIATAN PEMBELAJARAN
SEMESTER (RPKPS)

BIOINFORMATIKA

Tim Pengajar:

Dra. Fatchiyah, M.Kes.,Ph.D.
Widodo, M.Sc. Ph.D.
Dr.Ir. Estri Laras Arumingtyas, M.Sc.St.

JURUSAN BIOLOGI
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2013

A.IDENTITAS MATA KULIAH
1. Nama Mata Kuliah : Bioinformatika
2. Kode : MAB 4273
3. SKS : 3 (1K+2P)
4. Sifat : Wajib
5. Semester : genap
6. Prasyarat : Biologi Molekuler (MAB4261) , Komputer Dasar
7. Perkiraan banyaknya peserta : 20-40 mahasiswa
8. Deskripsi Singkat Mata Kuliah:
Mata kuliah ini mencakup materi Dasar-dasar browsing and Searching GeneBank Nucleotide database, polymorfisme, comparative genome, molecular taxonomy, dan protein sequence analysis, 3D protein structure, protein folding dan network pathway
9. Tujuan Instruktional Umum:
Setelah mengikuti mata kuliah ini mahasiswa akan dapat memahami dan melakukan dasar-dasar browsing and Searching GeneBank, Nucleotide database, polymorfisme, comparative genome, molecular taxonomy, dan protein sequence analysis, 3D protein structure, protein folding dan network pathway

B. PERENCANAAN PEMBELAJARAN

1 Memahami dasar-dasar biologi komputasi dan bioinfromatika. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu memahami dasar-dasar biologi komputasi dan bioinfromatika. Pendahuluan: Overview biologi komputasi dan bioinformatik Ceramah, diskusi (F)(Laptop dan LCD, lecture note, White board)
2 Melakukan browsing dan searching raw data pada GeneBank: Nucleotide Database. Setelah mengikuti topik ini mahasiswa diharapkan mampu melakukan browsing dan searching raw data dan nucleotida database pada GeneBank Dasar-dasar browsing and Searching GeneBank: Nucleotide Database Overview genebank. Raw data: Nucleotide database. Link-link. Ceramah diskusi & praktikum (F)(Laptop dan LCD, petunjuk praktikum di lab IT online)
3 Melakukan dasar analisis sequence nukleotida dengan BLAST, Primer design & Identification restriction mapping.
Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu melakukan dasar analisis sequence nukleotida dengan BLAST, design primer, & Identification restriction mapping Nucleotide sequence analysis. Blast analysis. Primer design
Identification Restriction mapping. Ceramah diskusi, kuis & praktikum (F)(Laptop dan LCD, petunjuk praktikum di lab IT online)
4 Melakukan analisis mapping SNP & genome diversity. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu menganalisis SNP mapping & genome diversity. dbSNP sequence Variation. Physical mapping. Functional Analysis
SNP variation to genome diversity. Ceramah diskusi , tugas terstruktur & praktikum(F) (Laptop dan LCD, petunjuk praktikum di lab IT online)
5 Mengidentifikasi polymorfisme dan genome variation. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu mengidentifikasi polymorfisme dan genome variation Polymorfisme and variation genome. Polymorphism Identification.Submission sequence. Aligment analysis Ceramah diskusi & praktikum (ELA) (Laptop dan LCD, petunjuk praktikum di lab IT online)
6 Membuat pohon filogenetik. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu membuat pohon filogenetik Comparative genome.Phylogenetics analysis. Ceramah diskusi, kuis & praktikum (ELA)
7 Mengidentifikasi taxon oragnisme dalam hirarki molekuler. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu mengidentifikasi taxon oragnisme dalam hirarki molekuler Taxonomy and evolution. Taxonomy database. Hierarchical mapping. Taxonomy Browser and Entrez. Ceramah diskusi, tugas terstruktur & praktikum (ELA) (Laptop dan LCD, petunjuk praktikum di lab IT online)
8 UJIAN TENGAH SEMESTERLembar UTS, materi minggu 1 s/d 7
9 Melakukan protein sequence analysis. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu melakukan protein sequence analysis. Protein sequence analysis. Predicting protein-coding genes (GenScan). Motif search (MotifScan, promoter search). Finding repeats (TRF, Reputer) Ceramah diskusi & praktikum (Laptop dan LCD, petunjuk praktikum di lab IT online)
10 Mendesain 3D protein modeling. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu mendesain 3D protein modeling. 3D protein analysis. Predicting secondary structure (PHDsec, nnpredict). Classification of proteins (SCOP). Prediction of active/functional sites in proteins (PDBsitescan). Ceramah diskusi, tugas terstruktur & praktikum. (Laptop dan LCD, petunjuk praktikum di lab IT online)
11 Mengalisis protein folding: homology modeling, threading, ab initio methods. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu mengalisis protein folding: homology modeling, threading, ab initio methods Protein folding Protein folding: homology modeling, threading, ab initio methods Ceramah diskusi & praktikum (Laptop dan LCD, petunjuk praktikum di lab IT online)
12 Membuat protein network pathway. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu membuat protein network pathway Protein network pathway Protein interaction networks, biochemical pathways. (Ceramah diskusi, kuis & praktikum Laptop dan LCD, petunjuk praktikum di lab IT online)
13 Mempresentasikan kemampuannya dengan topik yang dipilih Setelah mempelajari topik 1-4 mahasiswa mampu mempresentasikan kemampuannya dengan topik yang dipilih Student Presentation: Nucleotide database to genome mapping and analysis Genome mapping and analysis (SCL, Ceramah dan diskusi ,dan penilaian, Laptop dan LCD, online)
14 Setelah mempelajari topik 5-7 mahasiswa mampu mempresentasikan kemampuannya dengan topik yang dipilih Student Presentation: Polymorphisme to taxonomy mapping Taxonomy analysis (SCL, Ceramah dan diskusi ,dan penilaian, Laptop dan LCD, online)
15 Setelah mempelajari topik 9-12 mahasiswa mampu mempresentasikan kemampuannya dengan topik yang dipilih Student Presentation: 3D protein to protein folding & network pathway Proteomic analysis (SCL, Ceramah dan diskusi ,dan penilaian, Laptop dan LCD, online)
16 UJIAN AKHIR SEMESTER Lembar soal Materi minggu 9-15
C. ASSESMENT
Nilai Kuliah (NK):
Ujian Tengah Semester : 35%
Ujian akhir : 35%
Kuis :10%
Diskusi/keaktifan di kelas :10%
Tugas : 10%

Nilai Praktikum (NP):
Placements test : 20 %
Laporan : 40 %
Ujian Akhir Praktikum : 40 %

Nilai Akhir (NA) : (2 NK + 1 NP)/3
Skor Nilai Akhir (Nilai Huruf = NH):
‚Č•80 : A
76-<80 : B+
70- <76 : B
60- <70 : C+
56- <60 : C
50- <56 : D+
46- 46 : E

Daftar Pustaka

Marketa Zvelebil and Jeremy O. Baum, 2008, Understanding bioinformatic, Garland Science, Taylor and Francis group publisher.

Jean-Michel Claverie, Ph. D., Cedric Notredame, Ph.D. 2006, Bioinformatics For Dummies, 2nd Edition, For Dummies Publisher

Cynthia Gibas and Per Jambeck, 2001, Developing Bioinformatics Computer Skills, O’Reilly Media publisher.

Huaiyu Mi and Paul Thomas
Methods in Molecular Biology, 2009, Volume 563, Part 2, 123-140

GeneBank: NCBI GeneBank: www.ncbi.nlm.nih.gov/,
DDBJ: http://www.ddbj.nig.ac.jp/

Embl: http://www.ebi.ac.uk/

Protein analysis: http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html
protein characterization http://www.mips.biochem.mpg.de dan http://www.protomap.cs.huji.ac.il

Database alligment sequence: Hovergen http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hovergen.html (vertebrate alignments)
Pfam http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/ (protein domain alignments and profile HMMs)

BLOCKS http://blocks.fhcrc.org/
Ribosomal Database Project http://rdp.cme.msu.edu/html/ alignments and trees derived from rRNA sequences2

Comment Feed

No Responses (yet)



Some HTML is OK

or, reply to this post via trackback.

CAPTCHA Image
*