RENCANA PROGRAM KEGIATAN PEMBELAJARAN SEMESTER (RPKPS)
TEKNIK ANALISIS BIOLOGI MOLEKULER
Tim Pengajar:
Dra. Fatchiyah, M.Kes.,Ph.D.
Dr.Ir. Estri Laras Arumingtyas, M.Sc.St.
Dr. Sri Widyarti, MS.
Sofy Permana, M.Sc.,D.Sc.
JURUSAN BIOLOGI
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2012
A. IDENTITAS MATA KULIAH
1. Nama Mata Kuliah : Teknik Analisis Biologi Molekuler
2. Kode : MAB 4263
3. SKS : 4 (2K+2P)
4. Sifat : Pilihan
5. Semester : Genap
6. Prasyarat : Biologi Molekuler (MAB4262)
7. Perkiraan banyaknya peserta : 40-50 mahasiswa
8. Deskripsi Singkat Mata Kuliah:
Mata kuliah ini mencakup materi konsep dasar teknik analisis biomol, isolasi DNA, RNA dan protein. Teknik dasar analisis genom & pembuatan rekombinan DNA. Manipulasi gen: RFLP & analisis mutasi gen. PCR, RT-PCR & Real-Time PCR. Electroforesis. DNA Sequencing. Teknik deteksi gen, RNA dan protein (bloting). Dan Analisis Protein dan Ensim:teknik-teknik dasar analisis protein dan ensim meliputi presipitasi dan isolasi protein, teknik immunoblotting atau immunohistokimia dan teknik lain.
9. Tujuan Instruksional Umum:
Setelah mengikuti mata kuliah ini mahasiswa akan dapat melakukan dasar-dasar teknik analisis biologi molekuler, genom, DNA, RNA, dan protein, serta dapat menganalisis ekspresi gen baik ditingkat selluler maupun jaringan.
B. PERENCANAAN PEMBELAJARAN
1 Menjelaskan konsep dasar teknik analisis molekuler. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu menjelaskan konsep dasar teknik analisis molekuler; Pendahuluan:Konsep Dasar analisis biomol;Ceramah, diskusi (Laptop dan LCD, lecture note, White board)
2 Melakukan isolasi DNA dan RNA dari berbagai jaringan tanaman, hewan, bakteri, dan mengukur kadar biomolekul secara kuali- dan kuantitatif. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu melakukan isolasi DNA dan RNA dari berbagai jaringan tanaman, hewan, bakteri, dan mengukur kadar biomolekul secara kuali- dan kuantitatif . Teknik dasar analisis bahan genetik dan cara pengukuran biomolekul secara kuali- & kuantitatif . (1. Isolasi DNA & RNA: tanaman, hewan, bakteri. 2. Elektroforesis DNA & RNA
3. UV-Vis Spektrofotometer) (Ceramah diskusi & praktikum)
3 Melakukan dan menganalisis amplifikasi DNA dan RNA dan applikasinya. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu melakukan dan menganalisis amplifikasi DNA dan RNA dan applikasinya. Dasar teknik amplifikasi DNA RNAdan aplikasinya. Polymerase Chain Reaction, RT-PCR, &real time PCR. (Ceramah diskusi & praktikum)
4 Menjelaskan pembuatan cDNA atau RNA probe. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu m enjelaskan pembuatan cDNA atau RNA probe. Pembuatan Probe: Konstruksi DNA, RNA, cDNA Probes ( Ceramah, diskusi, PBL Laptop dan LCD, lecture note, White board)
5 Menganalisis poliformfisme berbagai organisme berbasis data genome. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu menganalisis poliformfisme berbagai organisme berbasis data genome: ( Analisis polimorfisme 1. Ensim-ensim manipulasi genetik, 2. RFLP, 3. RAPD (Ceramah diskusi & praktikum)
6 Menjelaskan manipulasi genetik. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu menjelaskan manipulasi genetik. Manipulasi genetik : Mutasi langsung dan tidak langsung Ceramah, diskusi, PBL (Laptop dan LCD, lecture note, White board)
7 Menjelaskan teknik-teknik dasar kloning molekuler. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu menjelaskan teknik-teknik dasar kloning molekuler. Dasar teknik-teknik kloning Molekuler: Karakterisasi & Identifikasi DNA cloning, ligation, transformasi sel kompeten Ceramah, diskusi, SCL Laptop dan LCD, lecture note, White board, CD animasi
8 UJIAN TENGAH SEMESTER Lembar UTS, materi minggu 1 s/d7
9 Memahamil teknik hibridisasi dengan sistem identifikasi ekspresi gene: Shoutern dan Northern blot. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu memahami teknik hibridisasi dengan sistem identifikasi ekspresi gene: Shoutern dan Northern blot. Hibridisasi: Sistem deteksi gen & level mRNA ,System deteksi gene menggunakan radioactif & non-radioactif: Southern & Northern blot. (Ceramah diskusi & praktikum, Laptop dan LCD, petunjuk praktikum bahan kemikali dan peralatan laboratorium)
10 Mengenal dasar-dasar sequencing DNA Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu mengenal dasar-dasar sequencing DNA.DNA sequencing: 1. Dasar-2 sequensing: Sanger& Sanger methods; 2. New sequencing methods using capillary system Ceramah, diskusi, SCL Laptop dan LCD, lecture note, White board, CD animasi.
11 Melakukan isolasi dan presipitasi protein.Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu melakukan isolasi dan presipitasi protein. Teknik dasar isolasi dan presipitasi protein: Berbahan dasar: bakteri, tanaman, serum, dan jaringan hewan Ceramah diskusi & praktikum (Laptop dan LCD, petunjuk praktikum bahan kemikali dan peralatan laboratorium)
12 Membuat kurva standar dan mengukur kadar protein. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu membuat kurva standar dan mengukur kadar protein. Pembuatan kurva protein standard dan mengukur kadar Protein. Dengan spektrofotometer: Ceramah diskusi & praktikum Laptop dan LCD, petunjuk praktikum bahan kemikali dan peralatan laboratorium
13 Melakukan elektroforesis SDS PAGE dan mengalisis hasilnya. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu melakukan elektroforesis SDS PAGE dan mengalisis hasilnya. Electrophoresis protein: SDS PAGE, EIF, etc. Ceramah diskusi & praktikum Laptop dan LCD, petunjuk praktikum bahan kemikali dan peralatan laboratorium
14 Melakukan analisis immunoblotting. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu melakukan analisis immunoblotting. Analisis Protein western blot, antibodi probe (Ceramah diskusi & praktikum) (Laptop dan LCD, petunjuk praktikum bahan kemikali dan peralatan laboratorium)
15 Menjelaskan teknik dasar immunohistochemistry. Setelah mempelajari topik ini, mahasiswa diharapkan mampu menjelaskan teknik dasar immunohistochemistry Immunohistochemistri : Pembuatan preparat, Proses IHC. (Ceramah, diskusi, PBL Laptop dan LCD, lecture note, White board, CD animasi)
16 UJIAN AKHIR SEMESTER
Lembar soal Materi minggu 9-15
C. ASSESMENT
Nilai Kuliah (NK):
Ujian Tengah Semester : 35%
Ujian akhir : 35%
Kuis :10%
Diskusi/keaktifan di kelas :10%
Tugas : 10%
Nilai Praktikum (NP):
Placements test : 20 %
Laporan : 40 %
Ujian Akhir Praktikum : 40 %
Nilai Akhir (NA) : (NK + NP)/2
Skor Nilai Akhir (Nilai Huruf = NH):
≥80 : A
76-<80 : B+
70- <76 : B
60- <70 : C+
56- <60 : C
50- <56 : D+
46- 46 : E
D. DAFTAR PUSTAKA
Fatchiyah, Sri Widyarti, Estri Laras Arumingtyas, Sri Rahayu, 2008, Teknik Dasar Analisis Biologi Molekuler, Universitas Brawijaya, Malang.
Fatchiyah, Sri Widyarti, Estri Laras Arumingtyas, Sri Rahayu, 2011. Biologi Molekuler: Prinsip Dasar Analisis. Penerbit Erlangga, Jakarta.
Andrews AT. 1980. Electrophoresis: Theory, Techniques & Biochemical and Clinical Apllication. 2nd Ed. Clarendon Press, Oxford.
Ausubel FM., Brent R., Kingston RE., Moore D., Seidman JG. Smith JA. Struhl K. 2002. Short Protocols in Molecular Biology. 5rd Ed. John Wiley & Sons.
GeneBank: NCBI GeneBank: www.ncbi.nlm.nih.gov/,5
DDBJ: http://www.ddbj.nig.ac.jp/
Embl: http://www.ebi.ac.uk/
Innis MA. Gelfand DH., Sninsky JJ. 1999. PCR Application Protocol for Functional Genomics. Academics Press
Sambrook J. & Russel DW. 2001. Molecular Cloning: A laboratory manual. Cold Spring Harbor. www.cshl.org/sambrook
Bollag DM., & Edelstein SJ. 1991. Protein Methods. A John Wiley & Sons.
Harlow E. & Lane D. 1988. Antibodies: A laboratory manual. Cold Spring
Harbor Konfermann R. & Dubel S. 2001. Antibody Engeneering. Springer Lab. Manual. www.duebel.uni-hd.de
Robyt JF & White BJ. 1990. Biochemical Techniques: Theory & Practice. Brooks/Cole Pub.
Wilson K & Walker J. 2004. Principles & Techniques of Practical Biochemistry. 4th Ed. Cambridge University Press. www.cup.cam.ac.uk/wilson
Atau www.cup.org/wilson