Penelitian Biologi molekuler makin berkembang setiap tahunnya, sejak penemuan double helix DNA dari Watson-Crick, para peneliti semakin tergugah untuk membuka cakrawala baru di bidang genetika molekuler. Kloning gena didasarkan atas peran enzim-enzim modifikasi tersebut, dalam memotong vector, DNA target, memasukkan DNA target, maupun menggandakannya.  Salah satu ensim restriksi endonuklease yang berperan penting dalam kloning gena adalah RE tipe II (RE). Penemuan enzim-enzim restriksi ataupun ensim untuk manipulasi gen, perkembangan teknik manipulasi gen dan rekayasa genetik, pengembangan kultur sel terutama stem cells culture, pembuatan hewan transgenik dan knockout terus dilakukan untuk lebih dalam mempelajari fungsi dari suatu gen, dan akhirnya pengembangan teknik-teknik di bidang proteonomic dan nano technology. Proses hibridisasi dan visualisasi diawali dengan transfer DNA dari gel agarose ke nilon berpori atau membrane nitroselulosa. Transfer DNA disebut ‘Southern blotting’ (SB), mengacu kepada nama penemu teknik tersebut yaitu  E.M. Southern (1975).  Untuk deteksi mRNA digunakan teknik Northern Blot (NB). baik SB dan NB menggunakan gen atau potongan DNA spesifik yang dilabeli probe untuk mempermudah deteksi gen yang dianalisis. untuk protein dikenal sebagai Western Blot menggunakan antibody spesifik. Elektroforesis gen dapat digunakan gel agarose elektroforesis atau PFGE dan juga gel poliakrilamid untuk deteksi basa-basa nukleotida.

Meskipun gen dalam keadaan normal bersifat stabil, akan tetapi dalam menghadapi perubahan lingkungan, gen dapat bersifat sensitif atau rentan sehingga dapat menimbulkan mutasi pada urutan basa nukleotidanya. Apabila sistem proofreading dari DNA untuk memperbaiki diri tidak berjalan dengan baik, maka hal ini akan berakibat pembacaan yang keliru dari DNA template pada saat replikasi maupun sintesis protein. Protein yang dihasilkan menjadi berubah fungsi atau bahkan menjadi unfunctional protein yang akan didegradasi oleh sistem dalam sel itu. Analisis Restriction fragment length polymorphism (RFLP) adalah salah satu teknik pertama yang secara luas digunakan untuk mendeteksi variasi pada tingkat sekuen DNA.  Deteksi RFLP dilakukan berdasar pada adanya kemungkinan untuk membandingkan profil pita-pita yang dihasilkan setelah dilakukan pemotongan dengan enzim restriksi terhadap DNA target/dari individu yang berbeda. Berbagai mutasi yang terjadi pada suatu organisma  mempengaruhi molekul DNA dengan berbagai cara, menghasilkan fragmen-fragmen dengan panjang yang berbeda. Perbedaan panjang fragmen ini dapat dilihat setelah dilakukan elektroforesis pada gel, hibridisasi dan visualisasi.  Aplikasi teknik RFLP biasa digunakan untuk mendeteksi diversitas genetic, hubungan kekerabatan, sejarah domestikasi, asal dan evolusi suatu spesies, genetic drift dan seleksi, pemetaan keseluruhan genom, tagging gen, mengisolasi gen-gen yang berguna dari spesies liar, mengkonstruksi perpustakaan DNA.
1. Teknik Analisis Biologi Molekuler dan Aplikasinya (Fatchiyah 2012)

2. Isolasi DNA-RNA elktroforesi
3. Basic analysis1 of molecular biology