Mar

28

What is MTA?

A material transfer agreement (MTA) is the legal contract between a provider and a recipient that sets out the terms and conditions under which plant genetic resources are transferred

Why I need MTA?

  • Especially needed when proprietary information involved
  • For material coming IN, an MTA is required if the provider requires it.
  • For material going OUT, consult with the ORA and/or UTRF
  • Material is infectious or hazardous

Can resolves issues: liability, academic credit, loss of control of the material, disagreements

lbh lengkap, silahkan baca dan downlad mkuliah MTA disini

Mar

17

JADWAL PERKULIAHAN

MK:    Bioetika Penelitian Hayati (PDF)

Program Magister Biologi FMIPA UB

Hari Kamis Jam 08.00-09.50, Ruang 2.6 (depan ruang akademik FMIPA UB)

MG KE

TOPIK

DOSEN

 07/03/2013 Penjelasan ttg RPKPS, Kontrak perkuliahan  Pendahuluan tentang Bioetika dalam penelitian hayati Prof. Fatchiyah, M.Kes., Ph.D. (Koordinator MK)
14/03/2013 Laik Ethik riset dgn hewan percobaan
21/03/2013 Material transfer aggrement
28/03/2013 SCL: diskusi kelompok 1
04/04/2013 Etika sebagai ilmu pengetahuan dan Integritas ilmiah atau Konflik kepentingan Dr.Ir. MS. Djati, M.Si.
11/04/2013 Philosophy of Research: Authorship , Plagiarism, Peer Review, Pemahaman masyarakat tentang ilmu (Sains) dan ilmuwan
18/04/2013 Norma-norma yang harus diikuti dalam instrumen yang terkait dengan bioetika, Pertanggungjawaban ilmuwan untuk mengkomunikasikan ilmu-ilmu (Sains)
25/04/2013 SCL: diskusi kelompok 2
02/05/2013 SCL: diskusi kelompok 3
16/05/2013 Isu-isu penting dalam bioetika dan Etika Profesi Prof.Dr. drh. Aulanni am, DES
23/05/2013 Research With Human Subjects:

Eugenika (Eugenics), Projek Genom Manusia (HGP)

Pengujian genetik, Terapi gen, Tes DNA (DNA profiling) & Teknologi genetik

 
30/05/2013 Etika alih teknologi. Penelitian jaringan fetus, Biologi tentang jenis kelamin yang disukai (Sexual preverence)  
13/06/2013 SCL: diskusi kelompok 4  
20/06/2013 SCL: diskusi kelompok 5  
27/06/2013 SCL: diskusi kelompok 6 Prof. Fatchiyah, M.Kes., Ph.D

Sep

17

 

JADUAL KULIAH MK TEKNIK ANALISIS GENETIKA MOLEKULER

PASCASARJANA BIOLOGI FMIPA MALANG

Pertemuan ke

Sub pokok bahasan

Metoda pembelajaran

Dosen
1 Overview molecular biology techniques. Lab. biosafety, basic  and sterile techniques, pippetting  test Lecture F
2 Basic analysis of DNA and RNA Lecture F
3 DNA Electrophoresis: Agorose & Polyacrilamide Lecture & practice F
4 Amplification DNA by PCR, RT-PCR and qPCR Lecture & practice F
5 DNA Cloning Techniques: Vector, DNA target, manipulation enzyme Lecture & practice ELA
6 DNA Reccombinant Transformation, microbe cell culture and single clone selection Lecture & practice ELA
7 Single clone of DNA Recombinant identification by PCR or RFLP Lecture & practice ELA
8 Middle test
9 Gene Expression DNA Recombinant: Basic Analysis of Protein Lecture SWD
10 Protein isolation and purifcation from clone Lecture & practice SWD
11 SDS PAGE Lecture & practice SWD
12 Immunoblotting: dot-blot and Western blot Lecture & practice W
12 Immnunohistochemistry Lecture W
14 S C L Report presentation TIM
15 S C L Report presentation TIM

MK TAGM untuk Pascasarjana S2 Biologi adalah MK implementasi IGN-TTRC UB Council Module 1 untuk Biologi Molekuler.

Tim Dosen:

Fatchiyah, M.Kes., PhD. (F, Koordinator), Dr.Ir.Estri Laras Arumingtyas, MScSt (ELA), Dr. Sri Widyarti, M.Si (SWD) dan Widodo, MS, Ph.D (W)

Acuan Bacaan

Arif IA, Bakir MA, Khan HA, Al Farhan AH, Al Homaidan AA, Bahkali AH, Sadoon MA, Shobrak M. A brief review of molecular techniques to assess plant diversity. Int J Mol Sci. 2010 May 10;11(5):2079-96.

Fatchiyah. Arumingtyas EL, Widyarti S, Rahayu S. Biologi Molekuler: Prinsip Dasar Analisis: Penerbit Erlangga, Jakarta. 2011.

Fierro AC, Vandenbussche F, Engelen K, Van de Peer Y, Marchal K.  Meta Analysis of Gene Expression Data within and Across Species. Curr Genomics. 2008 Dec;9(8):525-34.

Kremer A, Caron H, Cavers S, Colpaert N, Gheysen G, Gribel R, Lemes M, Lowe AJ, Margis R, Navarro C, Salgueiro F. Monitoring genetic diversity in tropical trees with multilocus dominant markers. Heredity. 2005 Oct;95(4):274-80.

Alves RR, Alves HN . The faunal drugstore: animal-based remedies used in traditional medicines in Latin America . J Ethnobiol Ethnomed. 2011 Mar 7;7:9.

Thomas TR, Kavlekar DP, LokaBharathi PA.Marine drugs from sponge-microbe association–a review.Mar Drugs. 2010 Apr 22;8(4):1417-68.

Finkeldey R, Leinemann L, Gailing O. Molecular genetic tools to infer the origin of forest plants and wood. Appl Microbiol Biotechnol. 2010 Feb;85(5):1251-8. Epub 2009 Nov 13.

Nellen, W. 2011. IGN-TTRC Biodiversity Molecular Biology module 1: training of trainers & student course. Implementation Indonesian German Network for Teaching, Training and Research Collaborations (IGN-TTRC) UB Council. Kassel University. German

 

WebLink: Genbank, SwissProt, etc

Sep

17

 

JADUAL KULIAH MK TEKNIK ANALISIS DNA FORENSIK DAN BARCODING

PASCASARJANA BIOLOGI FMIPA MALANG

Pertemuan ke

Sub pokok bahasan

Metoda pembelajaran

Dosen
1 Overview DNA Fingerprinting & DNA typing on Forensic Biology Lecture F
2 Genetic basis  of DNA typing (genomic or mtDNA) Lecture F
3 Forensic DNA typing system (CODIS, Y-chromosome, SNP, STR, SSP, DDGE) discussion of articles on forensic DNA testing F
4 Sample collection. extraction, purification, & storage Practice F/NK
5 DNA preparation and Sequensing Practice F/NK
6 Bioinformatic Analysis: DNA Seq analysis, alignment, phylogenetic tree Practice, online F/NK
7 Molecular data Interpretation (UPGM, stat analysis, Clad) Practice, online F/NK
8 Middle test    
9 Biomarker for animal DNA Barcoding analysis Lecture SH
10 DNA Barcoding analysis on animal molecular biodiversity and taxonomy discussion of articles on insect DNA Barcoding SH
11 DNA Barcoding analysis on animal molecular biodiversity and taxonomy discussion of articles on insect DNA Barcoding SH
12 Biomarker for microbe DNA Barcoding analysis Lecture NK
12 DNA Barcoding analysis on molecular biodiversity and taxonomy of microbe discussion of articles on microbe DNA typing & Barcoding NK
14 Biomarker for plant DNA Fingertyping and Barcoding analysis Lecture ELA
15 DNA Fingerprinting analayis on molecular biodiversity and taxonomy of plant discussion of articles on Plant DNA Fingerprinting ELA
16 DNA Fingerprinting analayis on molecular biodiversity and taxonomy of plant discussion of articles on Plant DNA Fingerprinting ELA

Tim Dosen:

Fatchiyah, M.Kes., PhD. (F, Koordinator), Dr.Ir.Estri Laras Arumingtyas, MScSt (ELA), Dr.Suharjono, MS (SH), dan Nia Kurniawan, MP, Ph.D. (NK)

Acuan Bacaan

Bashinski, J. “Laboratory Standards: Accreditation, Training, and Certification of Staff in the Forensic Context.” p. 159-173. Ballantyne J, Sensabaugh G. DNA Technology and Forensic Science, Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Press, 1989.

Balke,  M. and Schmidt S. 2012. Training of Trainers and Students Module II: DNA Barcoding Course material. Implementation of  Indonesian-German Network for Teaching, Training and Research Collaborations (IGN-TTRC) UB Councils. Zoologische Staatssammlung, Munchen. German

Hughey, J. Bio 13- Introduction To Forensic DNA Analysis Lecture Manual: Section 5052, Fall 2011.

Kobilinsky, L., Liotti, T. F. & Oeser-Sweat, J. DNA: Forensic and Legal Applications. Wiley-Interscience, New Jersey, 2004.  ISBN: 0471414786.

Kirby, L.T. 1990. DNA Fingerprinting: An Introduction.     W. H. Freeman.

Krawczak, M. & J. Schmidtke. 1994. DNA Fingerprinting.  Books International, Inc.

Moriniere, Jerome. 2012. Apractical lab manual for  molecularphylogenetics, barcoding and friends. Bavarian state collection of zoology. Zoologische Staatssammlung, Munchen. German

OSHA Bloodborne Pathogen Standard. 1992. Fisher Scientific.

Saferstein, R. 2001. Forensic Science Handbook.  Prentice Hall

Weedn VW, Roby RK. Forensic DNA Testing. Arch Pathol Lab Med 1993;117:486-491

 

Weblink:

http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0014448

http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0028832

http://fatchiyah.lecture.ub.ac.id

Aug

29

ini adalah syllabus dan buku praktikum yang telah diterapkan di Jurusan Biologi FMIPA UB, sebagai ujud implementasi program kerjasama Indonesia German (IGN-TTRC) dimana sebagai main course IGN TTRC UB council.
semoga dapat dimanfaatkan bagi mahasiswa dan peneliti muda yg belajar molekuler dan DNA rekombinan.
salam Penulis
1) Syllabi (RPKPS) TABM 2012 final
2) Praktikum TABM S1 Biologi MIPA UB

May

7

bahan kuliah evolusi molekuler silahkan di download dari

website evolusi molekuler

Apr

23

Good bright Monday, my Students

after two weeks hard studied for middle test examination, today let’s start with

new topic on The Molecular Evolutionary Perspective.

see you on our class…

Mar

13

untuk mempelajari atau eksplorasi single nucleotide polymorphisme (SNP) variation, untuk identifikasi penyakit, tingkat evolusi atau kekerabatan, pencemaran lingkungan, variasi etnik dan lain lain, pelajari dulu database SNPs variation di website berikut

http://fatchiyah.lecture.ub.ac.id/bioinformatics/lecture-4-dbsnp-variation/

Mar

12

bahan kuliah minggu ke-4, silahkan dilihat di http://fatchiyah.lecture.ub.ac.id/general/molecular-probe-hybridization/

setelah kuliah 15 menit terakhir ada Kuis untuk bahan minggu 1 sd 4

met belajar

Feb

21

Materi kuliah Genetika untuk mahasiswa PS S1 Biologi FMIPA UB, silahkan download

http://fatchiyah.lecture.ub.ac.id/genetics/introduction-of-genetics/

 

Feb

21

Materi kuliah Bioinformatika untuk mahasiswa PS S1 Biologi FMIPA UB bisa download di http://fatchiyah.lecture.ub.ac.id/bioinformatics/whats-bioinformatics/

 Let’s start to learn more deeply what’s bioinformatics on you….

Ground Role of Bioinformatics

1. Don’t always Believe what the program tell you

2. Don’t always believe what the database tell you

3. In Short, don’t be naive user

Computer don’t DO BIOLOGY

so, BE YOURSELF

Feb

20

Materi kuliah TABM untuk 2 minggu pertama dapat di download di

http://fatchiyah.lecture.ub.ac.id/general/dasar2tabm/

silahkan tanya jawab di kolom Comment secara langsung

Feb

20

Berikut Jadual Kuliah TABM, Bioinformatika, dan Genetika untuk mahasiswa PS S1 Biologi MIPA UB, silahkan download di bawah ini

JADWAL KULIAH TABM & BIOINFORMATIKA, GENETIKA 2012

Sedangkan materi bisa dilihat di masing pages di web ini

Selamat BELAJAR!

SMART WORK FOR THE BEST RESULT, GOOD LUCK….

Jan

30

CHECK IT OUT ON BOOK SHOP!!! Don’t miss it!

But if you like has that book by signed the writers, so you can find out at Lab. Sentral Ilmu Hayati, Brawijaya University (Fatchiyah as main editor) call 0341-559054 or send email to fatchiya@ub.ac.id

Sinopsis

Mekanisme di tingkat molekular merupakan kunci penting dalam membuka banyak misteri yang belum terungkap, seperti mengungkap fungsi gen terkait onset penyakit genetis, interaksi pemaparan nutrisi yang tepat dalam metabolisme gen target, atau identifikasi hubungan evolusi genetis, identifikasi DNA forensik, dsb. Analisis biologi molekular diperlukan untuk mempermudah memahami mekanisme molekular termasuk mengidentifikasi gen, DNA finger printing, ekspresi & eksplorasi protein/enzim, serta menganalisis fungsi gen dan protein.
Buku ini tersusun dari 20 bab. Bab 1 4 memaparkan sejarah perkembangan biologi molekular yang ditandai dengan human genome project, dilanjutkan penjelasan pengertian dasar kromosom, DNA, & gen. Pada bab selanjutnya, buku ini disusun berdasarkan kebutuhan panduan teknik-teknik dasar biologi molekular, meliputi isolasi DNA & RNA dari berbagai bahan yang mengandung material genetik pada berbagai organisme bakteri, tanaman, hewan, & manusia, serta pengujian kualitas maupun kuantitas isolat DNA yang diperoleh.
Pada Bab 5-10 fokus tentang bagaimana metode untuk manipulasi DNA atau gen-gen yang akan diuji, meliputi amplifikasi gen dengan PCR untuk identifikasi gen target, RFLP untuk uji sidik jari DNA dengan memotong bagian spesifik terhadap enzim restriksi, analisis ekpresi gen yang dilakukan dengan proses hibridisasi untuk level DNA & RNA, serta teknik hibridisasi in situ untuk uji ekspresi fungsi gen & pembuatan probe cDNA sebagai penanda spesifik gen target.

Mulai Bab 11 dibahas lebih dalam tentang analisis protein untuk mengukur ekspresi gen yang berperan. Bahasan diawali dengan penjelasan asam amino penyusun protein dan bentuk struktur protein berbasis pada ikatannya. Untuk mengkarakterisasi protein, pertama-tama dilakukan teknik isolasi & presipitasi protein, kemudian diuji kualitasnya berbasis pada kurva standar protein dan juga uji kuantitatif, SDS-PAGE, immunoblotting, & analisis isoenzim.

Pada bab terakhir, dibahas tentang elektroforesis dua dimensi. Buku ini merupakan buku wajib kuliah dan praktikum untuk program studi yang memiliki kurikulum dengan mata kuliah Teknik Analisis Biologi Molekular. Selain itu, buku ini dapat digunakan sebagai bahan pelatihan dan workshop yang berkaitan dengan teknik-teknik dasar biologi molekular. Buku Biologi Molekular: Prinsip Dasar Analisis ini ditujukan untuk mahasiswa S-1 dan pascasarjana, peneliti pemula ataupun senior yang bidang kajiannya di tingkat molekul dan selular, baik bidang biologi, biokimia, kedokteran, kedokteran hewan, kedokteran gigi, pertanian, perikanan, dan peternakan, serta untuk para guru biologi di tingkat sekolah menengah sebagai pengantar dasar-dasar analisis bioteknologi yang berbasis IPTEK.

Sekilas Tentang Penulis
Penulis adalah pengajar dan peneliti aktif bidang biologi molekular yang terdiri dari Fatchiyah (pengajar Jurusan Biologi FMIPA Universitas Brawijaya (UB) bidang kajian Biologi Molekular, Direktur Laboratorium Sentral Ilmu Hayati UB, Wakil Direktur Komisi Etik Penelitian UB, dan UB Council Indonesia-German Network for Teaching, Training and Research
Collaboration (IGN-TTRC); Estri Laras Arumingtyas (pengajar Jurusan Biologi FMIPA UB) bidang kajian Genetika Tanaman, Kepala Divisi Tanaman Komisi Etik Penelitian UB; Sri Widyarti (pengajar Jurusan Biologi FMIPA UB) bidang kajian Biologi Selular, Sekretaris Jurusan Biologi FMIPA UB dan Kepala Divisi Biomol & Sel Laboratorium Sentral Ilmu Hayati UB; dan Sri
Rahayu (pengajar Jurusan Biologi FMIPA UB) bidang kajian Reproduksi Hewan.

Jan

25

Explain this problem and send your answer to email fatchiya@ub.ac.id before tomorrow noon (26012012)

1. How do you think about the retrovirus as transporter of gene therapy such as Alzhemair, cancer, or congenital diseases

2. DNA Silencing program sometime is not only as negative factor but also positive factor. Let’s explain clearly on both sides

3. Could you take one of gene therapy using DNA recombinant and explain it the reason on it.

(fat)

Jan

16

Oleh Fatchiyah
Direktur LSIH UB dan Dosen jurusan Biologi FMIPA UB
Email: fatchiya@ub.ac.id , website http://fatchiyah.lecture.ub.ac.id atau http://lsih.ub.ac.id

Pentingkah Identifikasi kebutuhan Pelatihan (Training Needs Analysis)? Ya tentu saja, hal ini untuk mendapatkan dampak positif atau hasil maksimal dari pelatihan yang diikuti, sehingga waktu dan dana yang dikeluarkan tidak siasia. Benarkah pelatihan diperlukan? Pasti, karena untuk meningkatkan kompetensi seseorang. Kapan pelatihan dibutuhkan? Adanya penggunaan teknologi baru, perubahan proses, permintaaan dari pengguna/pasar/ customer, perubahan budaya atau struktur organsasi, perubahan dalam masyarakat atau aturan hukum serta bila ada kebijaksanaan baru pimpinan. Benarkah pelatihan dibutuhkan? Pelatihan bagi personel yang ada atau untuk personel baru dengan kualifikasi yang sesuai.
Pelatihan, merupakan bagian yang penting dan mutlak dalam sistem manajerial. Cara yang vital dalam upaya perbaikan dan pengembangan. Pelatihan juga merupakan kebutuhan dasar bagi personil agar mampu melaksanakan pekerjaannya serta berhasil dalam karir. Oleh karena itu, tujuan suatu pelatihan adalah meningkatkan pengetahuan, kemampuan, ketrampilan, kapasistas, kompetensi dan kinerja kerja. Perlunya pelatihan bukan hanya didasarkan untuk pembelajaran, yang lebih utama ialah didapatkan hasil yang dapat memenuhi standar kinerja pada tingkat yang dibutuhkan pada semua personel. Setiap personel laboratorium harus mendapatkan pelatihan dasar agar mampu melaksanakan tugasnya dan berhak meminta pelatihan yang berhubungan dengan pekerjaannya. Bagi semua personel terutama di laboratorium, untuk mencapai hasil yang baik tidak diizinkan untuk menerapkan suatu prosedur atau metoda sebelum: (1) mengikuti semua pelatihan yang diperlukan. Perlu supervisi sampai pelatihannya berakhir. (2) menunjukkan kemampuannya menerapkan apa yang telah dipelajari.
Identifikasi Pelatihan. Untuk mengidentifikasi pelatihan meliputi tahapan analisis, rancang, pengembangan, pelaksanaan, dan Evaluasi. Pada umumnya, dalam suatu laboratorium personel yang ada memiliki tingkat penegtahuan dan ketrampilannya bervariasi. Maka tugas Manajemen untuk identifikasi kebutuhan pelatihan bagi personel yang bekerja di laboratorium yang dipimpinnya. Identifikasi kebutuhan pelatihan merupakan langkah awal dalam siklus penyusunan program pelatihan dan ditetapkan bersama-sama oleh tim Manajerial dan personel laboratorium.
Analisis. Analisis tugas pokok pegawai atau sekelompok pegawai yang membutuhkan pelatihan, berbasis informasi lengkap dan faktual tentang: (1) kinerja personil, (2) siapa personil yang ketrampilannya perlu ditingkatkan, dan (3) adanya jenjang kinerja antara kebutuhan laboratorium dengan kualifikasi personel yang ada atau jenjang antara personel. Bagaimana cara menganalisis secara obyektif: lakukan SWOT analysis terhadap personel, amati tingkat kinerja personel, lakukan wawancara langsung pada personel, edarkan kuisener, dan diskusikan dengan kelompok kerja. Bagaimana personel dapat memanfaatkan kekuatan atau kesempatan dirinya? Apakah ada faktor yang menghalanginya untuk memanfaatkan kesempatan yang ada?
Perancangan. Merancang suatu pelatihan harus berbasis pada SMART goals: Spesific, tujuan harus ditulis sejelas mungkin. Measurable, harus disertakan bagaimana mengukur pencapaian tujuan secara obyektif. Achievable, target menantang namun tidak terlalu sulit untuk dicapai. Relevant, seseorang akan terpacu mencapai target, apabila target itu penting dan dapat memberikan keuntungan padanya. Time limited, target harus dapat dicapai dalam kurun waktu tertentu. Manajemen akan menetapkan pelatihan yang sesuai dengan kebutuhan. Be realistic! Jangan meniru laboratorium lain, tapi harus sesuai dengan visi dan misi masing-masing laboratorium dan ruang lingkup yang telah ditetapkan atau yang akan dikembangkan.
Pengembangan. Manajemen juga melakukan dokumentasi untuk pelatihan yang telah dilaksanakan, rotasi personel yang akan dilatih berbasis pada tingkat kompetensi yang ingin dicapai, dan proses setelah pelatihan yang dilakukan oleh personel yang bersangkutan. Berdasarkan tahapan tersebut, manajemen melakukan pengembangan lebih lanjut. Pelatihan lanjutan bisa dilakukan dalam waktu kerja – on the job training atau inhause training –. Kelebihan pelatihan model ini adalah dengan menggunakan peralatan, instrumen, atau bahan yang akan digunakan oleh oleh personel setelah pelatihan, sehingga personel secara efektif dapat meningkatkan kemampuan dalam menyelesaikan tugas. Tipe lain – off the job training -, yaitu dilaksanakan diluar tempat pekerjaan di tempat pelatihan yang sesuai dengan kompetensi dan memiliki reputasi yang baik. Personel dalam mengikuti pelatihan dapat konsentrasi penuh pada materi pelatihan karena tidak dibebani dengan tugas rutin. Dan lebih effektif dalam mengembangkan konsep dan ide. Tetapi kelemahannya, biasanya type instrumen yang dipelajari tidak sama dengan peralatan yang dimiliki laboratorium.
Pelaksanaan. Setelah selesai melakukan pelatihan, personel harus melaksanakan hasil pelatihan yang diikutinya. Personel langsung menerapkan ilmu dan ketrampilannya yang diperolehnya untuk menyelesaikan permasalah nyata di dunia pekerjaannya, karena tanpa dipraktekkan ilmu atau ketrampilan itu akan hilang. Pimpinan langsung akan mengawasi dan mengevaluasi pelaksanaan setelah pelatihan. Misalnya: personel secara individu atau kelompok kerja melakukan proses analisis lebih efesien dan effektif, waktu lebih cepat, kegagalan analisis minim, validasi instrumnetasi dan metoda analisis terjaga dengan baik, sehingga kepercayaan customer/pelanggan meningkat dengan semakin meningkatnya sampel uji yang masuk ke laboratorium.
Evaluasi. Pelatihan dan proses setelah pelatihan personel yang telah dilaksanakan diukur denga melakukan evaluasi. Manajemen menyediakan perangkat evaluasi seperti kuisener dimana kuisener ini ditujukan untuk personel yang bersangkutan dan atasan langsung dan untuk meningkatkan obyektifitas dapat pula ditambah kuisener untuk rekan kerja serta kuisener dari kepuasan customer/pelanggan. Personel juga membuat evaluasi kinerja diri (EKD). Dan manajemen akan melakukan internal audit serta kaji ulang manajemen atas keseluruhan proses yang ada dalam laboratorium tersebut. Proses kinerja dan evaluasi kinerja harus berbasis pada ISO yang dijalankan oleh laboratorium yang bersangkutan, seperti ISO 17025:2005, ISO 9001:208, ISO 1400 dan standard ISO yang lain.
Personal management appraisal system (PMAS). Tujuan dari PMAS adalah memberikan tanggapan kepada karyawan terkait terhadap kinerja kerjanya dan menganalisis pelatihan apa yang diperlukan. Dapat digunakan sebagai dasar penentuan untuk mengambil keputusan, pemberian pay-off atau menaikkan gaji, bonus, promosi atau tindakan disiplin lainnya. PMAS juga merupakan saranan terjalinnya komunikasi antara manajemen dan karyawannya, meningkatkan kinerja kerjanya melalui konseling, pemberian arahan dan pengembangan, serta mengavaluasi situasi dan kondisi dari perusahaan.
Pada dasarnya, menganalisis Kebutuhan akan Pelatihan bagi personel, tidak dilakukan tanpa proses yang telah diurakan di atas, agar perencanaan dan pengembangan, waktu dan uang yang disediakan tidak sia-sia belaka, tapi bermanfaat dalam peningkatan kinerja kerja personel dan proses analisis serta manejemen mutu laboratorium lebih efisien, efektif dan dengan akuntabilitas yang tinggi (FAT).

Pustaka yang terkait:

1. Training needs analysis Training Needs Analysis (Fat, 2012)

2. MAPS handbook performance appraisal handbook

3. MAPS template performanceappraisalform (template)

Dec

7

please explain clearly the answers of the problem on below and then sending to email fatchiya@ub.ac.id please send before 10 o’clock, Dec 8,2011.

1. explain the control regulation before transcription, transcription and post modification transcription
2. determine the process of translation of mRNA mature from nucleus to ribosomes
3. when does the signal transduction start to induce/enhance the process of protein synthesis

Note: take minimum an example of the mechanism for all answer for each question.
GOOD LUCK

Jun

2

Tips menulis dan mengoreksi paper

disadur dari artikel yang ditulis oleh Anto Satriyo Nugroho (LIPI) pada Mei 29, 2011

    1. Author
      1. Penulisan paper harus memperhatikan siapa saja yang dicantumkan dan untuk alasan apa. Urutan penulisan author harus dipertimbangkan baik-baik. First author biasanya diberikan kepada yang paling besar kontribusinya. Mahasiswa/i yang sedang menempuh degree biasanya diberikan kesempatan menjadi first author disertai tanggung jawab untuk memberikan kontribusi terbesar. Second author lazimnya diberikan kepada coauthor yang paling intensif memberikan arahan kepada first author.  Last author biasanya untuk professor pimpinan laboratorium yang sudah memiliki nama, walau mungkin kontribusi beliau terhadap studi tersebut tidak sebanyak second author. Urutan ini lazim dipakai diberbagai journal. Akan tetapi beberapa jurnal seperti Physical Review, memakai alphabetic order dari nama author.
      2. Kalau yang berkontribusi banyak, tidak perlu malu menuliskan semua penulis. Paper yang berkaitan dengan kedokteran atau biologi, seringkali mencantumkan banyak author, karena mereka banyak berperan dalam penyediaan data. Paper Human Genome Project, misalnya, authornya bisa lebih dari 200.
      3. Dalam penulisan paper, harus selalu berkonsultasi dengan para coauthor, terutama pembimbing utama atau peneliti utama. Pengiriman harus atas persetujuan semua author.
    2. Introduction:
      1. Harus ada penjelasan mengapa studi itu penting untuk dilakukan
      2. Jelaskan pula, apa yang dilakukan oleh peneliti lain pada topik yang dipilih, apa kelebihan dan kelemahan mereka, dan dimana studi yang anda lakukan memberikan kontribusi terhadap masalah yang belum terpecahkan ? Ini akan menjaga kesinambungan scientific knowledge, dimana pengetahuan yang dibangun oleh peneliti yang lalu akan disempurnakan oleh peneliti yang datang belakangan.
      3. Bagian introduction ini ibaratnya etalase. Anda harus menempatkan barang yang menarik pengunjung agar mereka mau mampir dan membeli. Introduction harus dapat memikat orang agar mau membaca paper yang anda tulis. Para professor atau orang yang sibuk biasanya hanya membaca abstract, introduction dan conclusion. Karena itu pertanyaan yang dibuka di bagian introduction harus terjawab saat membaca conclusion. Sehingga setelah selesai membaca introduction dan conclusion, reader akan memahami posisi anda, kontribusi apa yang anda berikan.
      4. Di akhir introduction, lazim untuk menjelaskan struktur paper yang ditulis. Section 2 menjelaskan apa, Section 3 menjelaskan apa, dst.
    3. Penjelasan mengenai metode yang diusulkan (proposed method)
      1. Pada bagian ini dibahas novelty studi yang dilakukan. Novelty bisa berupa: (i) mengusulkan metode baru untuk suatu kasus yang bukan baru, (ii) memakai metode yang sudah ada untuk suatu kasus yang baru (iii) mengusulkan metode baru untuk kasus yang baru.
    4. Gambar dan Grafik
      1. Caption ditulis di bawah gambar/grafik
      2. Dalam panduan penulisan paper oleh IEEE, “Figure” ditulis singkat “Fig.” baik saat muncul di awal maupun tengah.
      3. Setiap gambar/grafik harus dibahas di dalam artikel. Jangan membuat reader menafsirkan sendiri gambar/grafik karena tidak ada penjelasan di artikel
      4. Pastikan sumbu X dan sumbu Y diberi label, masing-masing merepresentasikan apa dan apa unit-nya.
      5. Perhitungkan bahwa paper anda akan diprint pada proceeding hitam putih. Kalau pemakaian warna akan membuat informasi jadi tidak jelas, maka pakailah format yang sederhana black on white dan tidak memaksakan diri memakai gambar berwarna-warni.
      6. Grafik tidak perlu diberi border/bingkai. Hati-hati saat memakai MS Excell untuk meng-generate grafik, karena default-nya menyertakan border hitam yang tidak diperlukan saat dimuat di paper.
      7. Apabila menulis flowchart, lebih baik memakai warna foreground black dan background white. Apabila anda memberikan warna abu kepada kotak, seringkali saat diprint membuat tulisan di dalam kotak itu -yang umumnya berwarna hitam- menjadi tidak jelas.
      8. Apabila dalam gambar tersebut ada tulisan, perhatikan agar saat diresize ke dalam paper tulisan itu tidak terlalu kecil. Biasanya dalam panduan penulisan paper oleh jurnal hal ini akan diperingatkan. Karena author seringkali lupa, saat copy-paste gambar ke paper, tulisan yang berada dalam gambar menjadi terlalu kecil.
      9. Pastikan tidak memakai gambar yg copyrighted. Pakailah gambar yg dibuat sendiri, jangan memakai scanning dari paper/buku, untuk publikasi formal.
      10. Adakalanya kita perlu membedakan gambar yang dimuat: apakah untuk menjelaskan algoritma yang dibahas, ataukah untuk memperlihatkan hasil eksperimen. Untuk tujuan menjelaskan algoritma yang dibahas, lebih baik memakai gambar yang sederhana (boleh juga synthetic image) yang mampu memberikan imajinasi dengan tepat dan cepat kepada pembaca, bagaimana algoritma itu berjalan. Untuk tujuan kedua, yaitu memperlihatkan hasil eksperimen, anda boleh memakai gambar yang lebih kompleks karena tujuannya menjelaskan bagaimana algoritma itu berhasil dipakai pada data riil. Memakai data riil untuk menjelaskan algoritma kadangkala menimbulkan unnecessary complexity. Pilihlah gambar sesuai dengan tujuan yang ingin dicapai.
      11. Masukkan gambar setelah dijelaskan dulu di dalam artikel.
    5. Tabel
      1. Caption ditulis di atas tabel
      2. Dalam panduan penulisan paper oleh IEEE, “Table” ditulis singkat “Tab.” baik saat muncul di awal maupun tengah.
      3. Setiap tabel harus dibahas di dalam artikel. Jangan membuat reader menafsirkan sendiri tabel karena tidak ada penjelasan di artikel
      4. Masukkan tabel setelah dijelaskan dulu di dalam artikel.
    6. Experimental results
      1. Selalu bertanya “why”. Mengapa eksperimen ini berhasil ? Mengapa gagal ? Mengapa tidak optimal ?
      2. Reader akan mengevaluasi anda dari kualitas argumen anda dalam menjawab pertanyaan “why”
      3. Experiment terbagi dua: heuristics dan demonstrative. Heuristic experiments berisi keberhasilan dan kegagalan eksperimen yang dilakukan peneliti untuk memahami suatu metode, mendalami behavior suatu algoritma/sistem, yang akhirnya bertujuan menambah pengetahuan peneliti. Demonstrative experiment dilakukan setelah heuristic experiment selesai/lengkap. Demonstrative experiment ini tidak bertujuan untuk menambah pengetahuan sang peneliti, melainkan untuk meyakinkan orang lain mengenai ide yang ditulis. Jika demonstrative experiment ini tidak mampu meyakinkan pembaca, maka paper anda tidak akan diterima untuk publikasi. Tetapi terlalu banyak memakai waktu untuk membuat demonstrative experiment akan membuat anda kehilangan waktu untuk mengerjakan heuristic experiment. Akibatnya pengetahuan anda mengenai metode yang dibangun tidak akan komplit. Trade off antara kedua jenis eksperimen ini harus dipertimbangkan oleh peneliti dalam memanage waktu yang dimiliki.
      4. Tidak harus menceritakan semua eksperimen yang dilakukan. Pilihlah eksperimen yang dapat dipakai untuk membuat suatu cerita yang baik dan runut, agar pembaca dapat memahami ide yang disampaikan.
      5. Jangan pernah mengklaim bahwa metode anda adalah yang terbaik. Tidak pernah ada metode yang terbaik untuk semua kasus. Anda harus membahas, kapan metode itu berhasil dan kapan dia gagal. Dimana kelemahannya.
      6. Jangan lupa mencantumkan spesifikasi komputer, OS, waktu pengambilan data (tergantung sifat eksperimennya), running time (bedakan CPU time dan elapsed time. pelajari command “time” di linux. Yang dipakai adalah CPU time)
      7. Hati-hati dengan significant figures.
    7. Conclusion
      1. Conclusion mengulas secara singkat, apa yang dilakukan dan hasilnya bagaimana
      2. Jelaskan juga kelemahan dari studi yang dilakukan sebagai future work penelitian tsb.
      3. Di bagian Conclusion, harus jelas, apa (academic) contribution dari studi yang dilakukan.  Kesimpulan itu yang akan diingat oleh reader.
    8. Referensi
      1. Jangan memakai terlalu banyak area paper untuk menuliskan konsep yang sudah diketahui umum. Larikanlah ke referensi. Tiap halaman paper anda sangat mahal. Dedikasikan untuk membahas metode/hasil baru yang merupakan kontribusi orisinil anda.
      2. Referensi yang dicantumkan harus dicite di dalam artikel.
      3. Urutan prioritas: jurnal, peer review conference paper, conference paper tanpa review, text book yang benar-benar fundamental dan penting.
      4. Paper yang baik, akan memakai referensi yang mutakhir, misalnya 5 tahun terakhir
      5. Hati-hati saat menuliskan referensi dengan mencomot dari sana dan sini. Karena style penulisan referensi bisa saja berbeda, seperti urutan nama: last name dan singkatan first name. Harvard style referencing memakai urutan alphabetic nama pengarang, sedangkan IEEE urutannya berdasarkan kemunculan di paper. Pastikan anda mengikuti aturan yang ditetapkan editor.
      6. Apabila anda akan men-cite software, terlebih dahulu periksa situs pengembang software tersebut. Biasanya pengembang software akan merekomendasikan cara membuat sitasi terhadap karyanya. Misalnya untuk software WEKA, anda harus mengikuti permintaan pengembang sebagaimana dapat dibaca di http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/index_citing.html
      7. Jurnal/conference paper lazimnya memiliki informasi volume, issue number, halaman dsb. Ini harus disitasi lengkap sesuai dengan aturan penulisan paper (teknik referencing bisa jadi berbeda antara satu jurnal dengan yang lain.). Akan tetapi seiring dengan perkembangan zaman, dewasa ini prosiding dalam bentuk CD ROM sudah diterima sebagai publikasi resmi. Adakalanya jurnal juga diterbitkan secara online, sehingga tidak memiliki informasi halaman, melainkan nomer unique. Contohnya: http://www.malariajournal.com/info/about/ menyebutkan

        Articles in Malaria Journalshould be cited in the same way as articles in a traditional journal. However, because articles in this journal are not printed, they do not have page numbers. Instead, they have a unique article number.The following citation:

        Malar J 2004, 2:1

        refers to article 1 from volume 2 of the journal.

        As an online journal, Malaria Journal does not have issue numbers. Each volume corresponds to a calendar year.

    9. Lain-lain
      1. Apabila anda akan memakai singkatan sebuah metode, misalnya SOM untuk “Self Organizing Map”, pada saat muncul pertama kali di dalam paper anda harus menyebutkan secara lengkap terlebih dahulu dan diikuti dengan singkatannya di dalam kurung. Misalnya “Self Organizing Map (SOM) is used to ….”. Setelah itu, anda boleh memakai singkatan SOM tanpa harus menjelaskan kepanjangannya. Kesalahan sering terjadi saat seorang penulis menulis singkatan tanpa menjelaskan terlebih dahulu apa kepanjangannya.
      2. Setelah penulisan draft selesai, seringlah konsultasi dengan pembimbing, author maupun teman anda untuk membaca dan memberikan masukan. Seringkali karena terlalu fokus pada wording dan konten, terjadi kesalahan yang fatal tanpa disadari. Misalnya flowchart ternyata salah, grafik yang ditampilkan ternyata salah, dsb. Anda mungkin tidak menyadari kesalahan tersebut karena sedang fokus pada pemilihan argumen. Bantuan dari orang lain sangat diperlukan, karena mereka lebih “tenang” dalam membaca paper.
      3. Garis bawahi kalimat utama tiap paragraf dan perhatikan, apakah ada loncatan pembahasan dari satu paragraf ke paragraf yang lain.
      4. Adakalanya anda menulis paper mengenai topik yang spesifik untuk negara tertentu. Misalnya Natural Language Processing pada bahasa Indonesia. Saat menulis paper internasional, anda harus bayangkan bahwa pembacanya adalah orang yang tidak memahami bahasa Indonesia. Sehingga untuk contoh-contoh yang memakai bahasa Indonesia, harus diterjemahkan di dalam paper. Tanpa terjemahan, paper anda tidak dapat difahami oleh reader.
      5. Saat menulis alamat, hati-hati dengan penulisan singkatan “jalan” sebagai “Jl.”. Lebih baik anda tulis lengkap “Jalan”, misalnya “Jalan M.H. Thamrin”, karena Jl ada kemungkinan dibaca “je-i” oleh orang asing.
      6. Kalau ada keharusan menuliskan alamat, jangan lupa mencantumkan nama negara: “Indonesia” di alamat yang tertulis di paper.
      7. Orang Indonesia seringkali menulis simbol plus minus untuk menyatakan lebih kurang, yaitu + 50. Secara teknis ini salah, karena artinya plus 50 dan minus 50. Hindari singkatan yang spesifik difahami secara informal oleh orang Indonesia.
      8. Dalam menulis angka, perhatikan bahwa bahasa Inggris memakai titik, bukan koma untuk pemisah pada angka decimal. Demikian juga, penulisan basis pada logaritma, hendaknya mengacu ke bahasa Inggris. Yaitu basis ditulis sebagai subscript setelah “log”, bukan super script sebelum log. Penulisan kita banyak mengacu ke Belanda.
      9. Perhatikan jurnal yang dituju. Apabila anda mengirim ke jurnal berbasis Eropa seperti Nature, ikutilah British English. Jika anda mengirim ke jurnal berbasis Amerika, ikutilah US English. Lazimnya kalau IEEE mengikuti US. Contoh beberapa kata yang berbeda penulisan:  colour (British) vs  color (US), tumour (British) vs tumor (US)
      10. Perhatikan bahwa “that” dan “which” berbeda
      11. Reviewer biasanya mengecek: abstract untuk mendapatkan quick view, introduction untuk mengetahui posisi studi itu di belantara penelitian sejenis, conclusion untuk mengetahui seberapa bagus hasil yang dicapai, dan referensi untuk mengecek apakah author memakai referensi yang terkini (rule of thumb: last 5 years papers), terpercaya dalam artian peer reviewed.

Tambahan dari teman-teman (terima kasih atas masukannya yang sangat berharga)

Terima kasih atas tulisannya mas Anto. Hanya ingin sedikit manambahkan untuk bagian Figure.
1. width line untuk plot atau ukuran huruf untuk keterangan plot harus cukup besar sehingga orang yang sudah berumur masih dapat membaca dengan jelas gambar dan keterangannya jika papernya diprint dalam hitam putih (tidak perlu melihat gambar dan keterangannya dengan men-zoom sampai 300% di pdfnya)
2. caption gambar harus self-explained. Pembaca harus dapat mengerti kesimpulan yang dapat diambil dari gambar tersebut hanya dengan membaca captionnya, tanpa harus mencari di text.
semoga membantu…..

sumber asli : http://asnugroho.wordpress.com/2011/05/29/tips-mengoreksi-paper/

Apr

15

SOAL UJIAN TENGAH SEMESTER

KELAS A

————————————————————————————————————————–

Mata Kuliah        : Biokom & Bioinformatik                    Semester           : Genap 2011

Tanggal                : 15 april 2011                                           Dosen                  : Fatchiyah, Ph.D

Bentuk Ujian     : Take home                                             Waktu Ujian      :

————————————————————————————————————————

Jawaban dikumpulkan paling lambat

 

Hari           : SENIN, 18 April 2011, jam 14.00

Ke alamat email : bioinformatika2011@gmail.com

Dengan subject : UTS Biokom-Nama mahasiswa

 

Setiap mhs HARUS tidak sama gen yang dipilih.

1.      Pilihlah salah satu gen apapun misal SF-1, GH, HLA-DR, 16s-RNA, atau lainnya.

A.    Analisis aligment dengan 5 species yang berbeda dengan program Bioedit baik sequence DNA maupun proteinnya.

B.     Uji kekerabatan dari semua species yang saudara pilih

2.      Berdasarkan data gen yang sudah saudara pilih, design primer untuk amplifikasi DNA sesuai dengan program yang ada di GenBank tersebut, berapa base pair (bp) hasil DNA-PCR yang diperkirakan?

 

 

Mar

23

Untuk mhs JB UB yang mengambil MK Evolusi pada semester ini, telah dibuat web khusus MK evolusi yaitu di http://evolusi-jbub.110mb.com